二、侦查程序的改革和完善
由于侦查程序在诉讼中的基础地位，因此其也成为《刑事诉讼法》修改的重点之一。有代表从整个侦查程序的完善出发，提出惩罚犯罪与保障人权相结合、程序公正与实体公正并重的修法指导理念，并提出了具体的立法建议：取消立案程序，将其整合为侦查的启动程序；将询问被害人作为独立的侦查行为；将查询冻结存款汇款、侦查实验等规定独立成节；将一些常用的侦查措施以及秘密侦查等纳入法律；丰富侦查终结的方式等。至于侦查权的配置，有代表基于我国目前的体制条件，建议法律规定：检察院独立行使国家公诉权，统一负责刑事案件的侦查和起诉，公安机关、国家安全机关分别负责对所管辖的刑事案件实行侦查；公安机关和国家安全机关在侦查活动中采取强制侦查措施，须经检察院同意；检察院在侦查活动中采取强制侦查措施，须报经上一级检察院批准。这位代表认为这样设计，既解决了侦查权的归属问题，也有利于加强对强制侦查行为的监督，防止侦查手段的滥用，从而实现保障人权的目标。
由于法治的发达和权利保障程序的完善，特殊侦查或秘密侦查等措施被广泛地运用，由此也加剧了司法权力与公民基本权利的冲突。有代表研究了国外特殊侦查法治化的基本模式后提出，应建立在分权制衡基础上的司法令状程序、对侦查过程监督的全面记录制度、保密封存制度和限制使用制度等，同时，为保障特殊侦查或秘密侦查制度的实现，还必须建立事后告知制度、国家赔偿与责任追究制度等。也有代表提出秘密侦查在中国法典化的建议。
三、刑事强制措施的完善
有代表认为，由于强制措施在立法上的诸多不足，有必要在修改时增加适用的原则以及有限的司法审查和司法救济，并完善一些配套制度。也有代表提出了适用刑事强制措施的具体原则：合法性原则、必要性原则、比例性原则和司法审查原则，并在此基础上对刑事强制措施予以改革。更有代表专门对我国的非羁押性强制措施进行了分析。关于取保候审，有代表指出其当前存在的诸多问题，如适用率低、正当化程度低、功能异化、缺乏监督和救济制度等，为此，应在立法上取消取保候审的裁量权、明确社会危险性的含义、规范保证金制度、限制期限、明确救济、加大惩罚，在立法之外还应树立正确的理念、加强与社区的联合监管、创建个人征信系统等。关于逮捕，长期以来，逮捕的性质和功能一直被异化，从而导致逮捕率高、羁押期限长等问题，不但浪费了有限的司法资源，而且还对国家的形象造成了较大的负面影响。有代表认为，应当完善逮捕程序，缩小逮捕的范围，包括犯罪嫌疑人的发表意见权和听证权。也有代表认为，除立法外，还要在司法和社会两个方面努力解决滥捕问题。对其中的附条件逮捕，有代表还建议建立定期复查制度、设立救济机制、提供国家赔偿等。关于监视居住，有代表提出，应明确其适用范围、加强对其适用的监督和对被监视居住人的权利保障。也有代表提出，还应明确居住地点、限制人身自由的程度、执行方式、执行主体和具体适用的期限等问题。
