由小产权房引发的集体利益与国家利益的冲突是主要的，同时，还会引发地方政府利益与国家利益的冲突、农民集体利益与集体经济组织个别负责人的利益冲突。对于地方政府违规审批小产权房并获利的行为，应从加强地方政府依法行政的角度进行处理；对集体经济组织个别负责人从出让土地建设小产权房中获利的情况，应从严惩腐败角度进行查处。
三、小产权房问题的解决对策
（一）建立集体土地建设用地使用权流转制度
随着改革的深入及国家所有权和集体所有权平等理念的形成，市场就会要求改变土地开发利用由国家独占的不平等局面，改变单一的土地供应模式，积极推行土地供应主体多元化，建立集体土地建设用地使用权流转制度。在此方面，有关部门也进行了一些尝试。早在2005年广东就通过了《集体建设用地使用权流转管理办法》，只是该办法禁止用集体土地进行房地产开发。2006年3月国土资源部下发《关于坚持依法依规管理节约集约用地支持社会主义新农村建设的通知》，提出进行集体非农建设用地使用权流转试点。这些尝试为建立集体建设用地使用权流转制度奠定了实践基础。为切实维护农民集体的利益，法律应当赋予农民集体出让土地使用权的权利。只要符合国家规划，集体有权将土地有偿出让给他人使用，其使用年限可由双方协商确定，也可同国有土地使用权的期限，使用费由双方协商确定，国家收取一定的税收，该土地的性质不变，仍然归该集体所有；使用权到期之后，集体有权收回土地；如果是出让土地建住宅的，法律应当允许，对所建住宅由政府核发产权证书；到期之后房屋的所有权人应当向集体交纳下一规定年限内的土地使用费，该费用标准应根据当时的土地出让价格核算确定，其对房屋拥有的所有权不变。
建立集体建设用地流转制度，还需要处理好与国家耕地保护的关系。对于基本耕地，国家应严格禁止集体随意占用进行开发建设，如确需开发建设的，应根据规定进行审批，并严格落实土地补偿制度。
（二）严格区分公益征收与商业拆迁
2007年3月全国人大通过的《物权法》第42条明确规定了征收制度。该法规定，基于公共利益的需要，政府可以根据法定权限和程序征收属于集体的土地。但是现实中许多开发商借政府名义征收集体土地用于商品房的开发建设，虽然经过政府部门的审批，其程序合法，但由于打着“公共利益”的旗号，土地征收的价格相对较低，这也是有损农民集体利益的重要表现。究其实质，是混淆了公益征收与商业拆迁的区别，假借公共利益之名行谋取利益之实。只要开发商出于营利目的进行土地的开发建设，即使客观上实现了一定的公共利益，也属商业拆迁。对于商业拆迁，除应按规定经过有关部门审批之外，其土地补偿价格应由开发商与集体协商确定，不能按照国家征收的标准进行。如果协商不成，政府无权强令集体出让土地。对于因公共利益的征收，法律应明确公共利益的范围，严格限定征收的条件和程序。2009年12月，国务院法制办表示要制定一部新的《国有土地上房屋征收与拆迁补偿条例》，以取代《城市房屋拆迁管理条例》，新条例将严格区分公益征收与商业拆迁[6]，但是，新条例只是限定在国有土地之上的城市房屋拆迁，对集体土地及土地之上房屋的征收拆迁，我们也应尽快立法，以期建立公平合理的集体土地征收拆迁制度。另外，在集体土地使用权流转制度建立之后，也可以允许集体与开发商约定不改变土地的性质，直接在集体土地之上设定建设用地使用权进行商品房的开发建设。
