在美国现行滨海湿地保护政策与法制中具有重要地位的美国陆军工程兵团 （United States Army Corps of Engineers）对包括滨海湿地在内的“可航水体”的管理，是否符合《生态系统方法》的要求呢？
美国陆军工程兵团 （United States Army Corps of Engineers）是美国主要水利机构之一，属美国陆军部管辖。其前身为西点军校工程班，后被美国国会授权承担民用土木工程建设，业务范围不断扩大，主要负责水利工程的规划、设计、施工管理、及运用维护，不直接承担施工任务。美国陆军工程兵团自1824年开始负担全国河道整治及港口建设，1936年起负责防洪工程的建设，以后又管理内河航运规划并结合开发水电，1979年起承担美国全国水坝安全检查。工程兵团依据《河流和港口法》规定的“公众利益审查”标准和《清洁水法》中授权联邦环保局制定的审查标准对于“可航水体”中“填埋和疏浚物质的排放”予以审查，并决定是否授予许可权。依据CWA第404条款，工程兵团的管辖范围集中在“可航水体”中“填埋和疏浚物质的排放”，未及于其他各种破坏湿地的活动（如有害化学品如杀虫剂的释放，附近海域石油钻探，生物移植等）。及至1986年美国《食物安全法》中确立“湿地破坏者”条款，工程兵团能够做的也只是针对已改造的湿地被用来种植农作物时，制衡农业部的相关政策，避免对滨海湿地保护构成不利。
回顾美国滨海湿地保护政策与法制变迁，虽然有学者认为《清洁水法》已站在生态系统的高度，将生态系统的完整性作为其追求的立法目的，但是，该法赋权美国陆军工程兵团决定是否授予疏浚和填埋物许可证，这无异于一般的专项职能管理。滨海湿地保护不限于水生态的保护，仅有《清洁水法》中确立的工程兵团专项职能管理不仅管辖范围受限，管理方式不足，而且工程兵团本身难以全面、有效地担任生态系统管理的综合性机构。据报道，“新奥尔良市被冲毁的防洪堤和防洪岸壁不能承受卡特里娜飓风的侵袭。从另一方面揭示出，防洪堤岸的设计和建筑从根本上就有缺陷，以致于在面对原本可以承受的暴风雨袭击时轻易就瓦解掉了。在飓风卡特里娜袭击过后的一年多时间里，新奥尔良市的大多数地区仍为废墟。不仅如此，兵团工程也破坏了对削减飓风风暴潮起重要作用的沿岸湿地。参议院的议案清楚反映出兵团的现状再也无法被接受了。”2007年，美国参议院通过了对工程兵团进行一系列根本性改革的决议，开始对工程兵团采用的规划程序进行重大改变。美国河流协会（American Rivers）主席丽贝卡·伍德（Rebecca Wodder）对媒体说，“参议院已圈定出重要的发展领域以推动美国陆军工程兵团走进21世纪。卡特里娜飓风揭示，若让兵团继续旧式的思考和工作方式将后患无穷。”
事实上，早在1998年，美国政府清洁水行动计划（U. S. Government Clean Water Action Plan）就提出，将湿地保护纳入“流域方法等基于地理的规划项目及其他规划项目”，“强调滨海资源、生境、冲击平原、河道与及水资源、公有土地的管理”。这种一体化的湿地管理思路致使至少36个联邦机构或多或少参与湿地的管理、恢复、改善、绘图、目录编制、划界、研究等工作。其中，美国陆军工程兵团（Army Corps of Engineers）、美国农业部下属的农场署（Department of Agriculture''s Farm Service Agency）和自然资源保护署（Natural Resources Conservation Service）、内政部下属的鱼类与野生生物署（Department of the Interior''s Fish and Wildlife Service）、商业部下属的国家海洋和大气管理局（Department of Commerce''s National Oceanic and Atmospheric Administration）和国家环境保护局（Environmental Protection Agency）是主要的湿地管理机构。具体到滨海湿地管理时，鱼类与野生生物署及国家海洋和大气管理局具有较为突出的作用。为克服分散的滨海湿地管理体制带来的问题，各管理机构有时采取措施进行整合与协调。例如，2001年，为了协调《清洁水法》和《濒危物种法》的执行问题，美国联邦环境保护局、鱼类与野生生物服务署、国家海洋与大气管理局等机构共同签署了合作备忘录，提出协调和改善各机构行动，在全国范围内协调管理，合作制定和执行全国水质量标准，监督各州及地方政府的执行情况，协调管制和保护程序。为了处理复杂的湿地问题，有时会在总统领导下成立临时性的协调机构，如机构间湿地工作组（Administration''s Interagency Working Group on Wetland）， 奥巴马政府还决定成立新的湿地工作小组，以协调路易斯安那州和其他墨西哥湾各州有关滨海湿地的管理工作。
