1972年，美国国会通过《联邦水污染控制法》（Federal Water Pollution Control Act） 修正案，该法不断扩大“可航水体”的范围，以便于将更多的污染行为纳入法律的调整范围。《联邦水污染控制法》将“可航水体”定义为“包括领海内的美国水体”，使得滨海湿地得以涵盖其中。 1977年，该法更名为《清洁水法》（Clean Water Act，以下简称为“CWA”），进一步规定，“可航水体”的管制范围包括“独立湿地和湖泊、间歇溪流、湿草原坑洞和其他水系”。CWA第404条款对于“可航水体”中“填埋和疏浚物质的排放”建立了一套新的许可程序，任何在滨海湿地进行的，涉及挖掘或填埋物质的填埋活动、水坝与堤防等水利工程、高速公路与机场等基础设施、采矿工程等活动均由工程兵团审查，并由其决定是否授予疏浚和填埋物许可证，许可证授予应遵循的标准则由联邦环保局（EPA）制定。 这一条款被美国联邦法院适用于司法判例中，如Minnehaha Creek Watershed District Vs. Hoffman （1979），United States Vs. Phelps Dodge Corp（1975）。最高法院在“合众国诉河边海景公寓”（United States v Riverside Bayview Homes） 一案中肯定了陆军工程兵团将“靠近可航或州际水域及其支流的湿地”纳入“可航水域”的做法。法院认为，很明显《清洁水法》中的水域是否“可航”已经不太重要，因为法律明确表示关注水质和水生态系统健康，所以可以将水域界定为更宽泛的概念。 这些判例反映了美国国会和联邦法院的共同态度，即尽量扩大适用CWA第404条款，以利保护湿地。
CWA第404条款成为美国联邦关于滨海湿地保护与开发利用最重要的程序性条款。许可授予程序较复杂，是美国宪法第5条修正案“正当法律程序”条款与公众参与政府决策两者结合的产物。其一般程序如下：工程兵部队在接到一项改变湿地状况的申请之后，应向公众公开申请书并接受公众的书面意见。对大型项目，部队应在开发地附近举行听证会，接受公众的书面和口头意见。随后依照审查标准对申请项目加以审查并在一定期限内决定许可的授予与否。此外，《国家环境政策法》（National Environmental Policy Act，1969）和《鱼类和野生动物协作法》（Fish and Wildlife Collaborative Law，1967）中的程序性规定也会影响到许可的授予过程。前者要求有重大环境影响的项目应进行环境影响评价，如申请项目属这类项目，则需首先进行环评，审查期限延长。《鱼类和野生动物协作法》则规定部队在审查许可时，应当考虑野生动物保护法规的规定，并与野生动物管理机关磋商申请项目对受保护物种之影响。如果野生动物管理机关按照《鱼类和野生动物协作法》的规定，对许可的授予表示反对时，该项许可应提交上一级部队行政机关审查，如仍不能达成一致意见，则依次类推，直至双方最高机关达成一致为止。最高可导致军队秘书处与野生动物管理机关的首长之间的磋商。
任何参与了行政许可程序且对许可决定不满的公民，均有权依据CWA第404条款及相关规定，就行政许可决定向美国联邦法院提请司法复审。如果存在一个可操作的替代方案，并且此方案比土地所有人提出的方案对水生环境的损害更小，或者土地所有人提出的方案将使国家水体显著退化，那么，土地所有人提出的方案就得不到许可。也就是说，许可证申请人必须证明自己活动的每一步都避免对水体的破坏，使损失减到最小，万不得已的情况下，要通过恢复或者建立替代湿地的方法来补偿不可避免的损失。依据CWA第404条款，公民及一些环境组织成功地阻止了一些大型项目对湿地的破坏，如Buttery v. United States（1983），Friends of Earth v. Hint E（1986），Berlin v. EPA（1988）。
CWA第208条款“区域水质规划”、第303条款“水质标准”、第401条款“水质认定”、第402条款“国家污染物排放限制”也为滨海湿地保护提供了法律依据。根据CWA，个人对未经许可或超出许可范围进行的湿地破坏活动，应承担由此产生的法律责任，这种法律责任一般是民事责任，但如果当事人明知或故意违反CWA，则可能导致被刑事控诉、承受监禁或支付罚金的后果。
