（二）对决定不捕的自侦案件缺少异议审查机制
在自侦案件决定逮捕权上提一级后，自侦案件侦查权与决定逮捕权分别由两个检察机关行使。那么针对上级人民检察院的侦监部门对自侦案件所作出的不捕决定，下级人民检察院的侦查部门认为有误的，能否提出复议？上级人民检察院的侦查监督部门如何回应下级人民检察院院侦查部门的不同意见？这在当前实务操作规则中没有明确的规定，使得下级院自侦部门的异议和主张得不到规范、有效的反馈和审查，从而最终影响到自侦案件的办理质量。
（三）自侦案件审查逮捕阶段律师介入的程序缺乏规范
虽然《规定》要求上级人民检察院办理审查逮捕案件应当认真审查嫌犯律师提出不应当逮捕等意见，在审查逮捕意见书上说明是否采纳的情况和理由，必要时可以直接听取受委托律师的意见。但是，从实践来看，基于审查逮捕阶段期限较短、案件数量较大等方面的原因，检察院侦查监督部门的承办人员对于侦查部门移送提请逮捕的绝大部分案件，只能对相关文书与案卷材料进行书面审查，而难以当面听取犯罪嫌疑人委托的律师提出的不应当采取羁押性强制措施的证据及相关法律理由，[9]因此律师的介入机会就极为有限。
同时，自侦案件决定逮捕权上提一级后，自侦案件侦查与审查逮捕存在上下交错的情况，在下级人民检察院侦查部门移送报捕材料后，上级检察院侦查监督部门审查逮捕形成结论之前，如果律师要求会见犯罪嫌疑人，就出现了是由下级检察院侦查监督部门还是由上级检察院侦查监督部门负责接待的问题，而这一问题缺乏具体规定，这就要求制定出对审查逮捕阶段律师介入自侦案件的操作细则。
（四）对犯罪嫌疑人合法权益的保护仍然存在薄弱环节
尽管《规定》通过强化内部监督、提高逮捕质量等方面的举措使职务犯罪嫌疑人的合法权益的保护得到一定的强化，但是从总体上来看，犯罪嫌疑人在自侦案件审查逮捕阶段的合法权益之保护仍显薄弱。首先，犯罪嫌疑人自我救济手段极为有限，其对检察机关的逮捕决定并无提出异议的权利，因此，在某种程度上，犯罪嫌疑人负有容忍被逮捕的义务；其次，对于原先符合逮捕条件，逮捕后条件变化而不需要继续羁押的，检察机关缺乏自动审查机制和变更机制。[10]
（五）对逮捕必要性条件的把握仍存在不严的情况
这具体表现为部分地区逮捕后判处缓刑或免于刑事处罚的案件比例较高。以某地区某分院为例，2009年5月改革以来受理自侦部门移送审查逮捕案件52件66人。决定逮捕50件60人，决定不予逮捕5人，不捕率为7.7％；侦查部门撤回1人。人民法院已作出判决46人，判处有期徒刑实体刑的27人；判处缓刑12人，拘役3人，免予刑事处罚4人。捕后判处缓刑的10人，拘役1人，免予刑事处罚3人，共计14人，占逮捕人数的23.3％。也就是说，捕后判处轻刑的比例偏高，逮捕率高，逮捕必要性条件把握不严。
