我们认为，我国刑事诉讼改革的大方向应该是顺应国际潮流，适当引入当事人主义，增强庭审的对抗性，实现庭审的实质化。在此大方向的指引下，我们应该在总结各国公诉方式利弊得失的基础上构建符合我国国情的二元公诉方式：
第一，二元公诉方式的适用范围。基于公正和效率的全面考量，并参考诸多法治国家的成功经验，我国二元公诉方式的适用范围应限定于被告人没有自愿认罪的重罪案件，对于被告人自愿认罪的案件和事实清楚、证据确实充分的轻微刑事案件没有必要进行二元公诉，否则复杂的起诉环节势必造成诉讼周期的延长，降低了诉讼效率，也不利于被告人权利的保障。
第二，二元公诉方式的内容。二元公诉方式包括初步公诉方式和正式公诉方式。初步公诉方式采用全案移送主义，即检察机关对重罪案件决定起诉时，应该将初步的起诉书（应该详细记载案由、事实、证据目录、指控罪名、被告人在押与否及在押地点等）和全部案件的证据（包括对被告有利和不利的证据）移送至预审法庭。预审法庭裁决案件不具备起诉条件，诉讼程序结束。如果预审法官经过审查之后后，认为案件符合审判条件，应当作出准予起诉的裁定，将裁定书送达检察机关和被告人及其辩护人，并将初步起诉书、全部证据材料退还控辩双方。此时检察机关可以启动正式公诉，正式公诉方式采用起诉状一本主义。按照正式公诉方式，检察机关制作正式的起诉书，只向有管辖权的法院提交一份正式的起诉书，而不附带移送与案件有关的其他证据材料。并且，正式起诉书不得记载有使法官产生预断的文字和材料。
第三，二元公诉的证明标准。如前所述，遵循公诉的运行规律，大多数西方国家设置了具有阶段性的刑事证明标准。而反观我国刑诉法，提起公诉的证明标准和有罪判决的证明标准完全一致，二者都是“案件事实清楚、证据确实充分”，没有本质区别，这有悖于刑事诉讼的运行规律。在构建我国的二元公诉方式的时候，我国刑诉法应当遵循刑事诉讼的运行规律以及人们对刑事案件事实的认识规律，有必要对初步公诉的证明标准和正式公诉的证明标准进行科学的区分。我们建议我国可以借鉴美国的做法，将初步公诉的证明标准设置为“可能性事由”，而将正式公诉的证明标准设置为证明程度较高的“高度盖然性”，这是一个相对的证明标准，即证明被告人有罪的证据比反对其有罪的证据更有说服力。
第四，二元公诉方式的配套制度。构建以预审程序相衔接的二元公诉方式旨在充分发挥起诉状一本主义的优点，同时克服其可能产生的陷阱。起诉状一本主义虽然具有防止法官庭前形成预断的功能，但该项制度也同时限制了辩护方的防御能力，在一定程度上妨碍了案件真相的发现。因此，为使二元公诉方式运行良好，刑诉法必须配套建立庭审前的证据开示制度，对控辩双方证据开示的范围、程序、时间、地点、程序性制裁作出明确规定。同时，我国刑诉法还应当建立起预审制度，在预审程序中解决证据开示问题。尽管日本刑诉法没有预审制度，其起诉状一本主义照常运转，这似乎对我国预审制度的建立是否有无必要提出了怀疑。但是，预审制度的建立可以省略重罪案件庭审法官在庭审前的审查环节，同时可以将证据开示置于预审程序之中，这也不失为一项整合司法资源、提高诉讼效率并有效保障人权的重大举措。预审程序为控辩双方进行证据交换提供良好的平台，也为重罪案件的公诉设置了关口，可以收获多重良好效果。一方面，预审程序可以过滤掉不必要的公诉案件，另一方面，它还可以整理正式审判中的争点，避免正式审判中不必要的争论，为控辩双方参与正式审判作出充分准备。初看起来，预审制度是增加了诉讼环节，而实际上预审程序可以将重罪案件的公诉审查、证据开示和整理庭审争点统一于一道程序中予以解决，是有助于提高诉讼效率的制度设计。
