1、管理体制中主体的定位混乱，管理方式行政色彩浓重
第一，在上述的《全国卡拉OK著作权使用费分配方案》中，“中文发”优先提取版权费的8%，而此时收费并没有使用由它开发的数字视频点播系统。中文发数字科技是中文发文化发展公司的下属公司，而中文发文化发展公司又由文化部文化发展中心参股40％，专门负责开发和推广全国卡拉OK内容管理系统。文化部作为一个专门管理文化事业的国家机关对其参股40%，这与其标榜的不涉及任何营利活动的说法有点自相矛盾。由中文发控股50%的天合公司2007年8月27日在北京成立，在全国31个省份设有分公司，专门开展KTV收费业务。这样一个庞大的公司仅仅只是进行收费业务，而这项业务本来可以由音集协自己完成，却委托给必须得盈利的天合公司来进行，着实让人感到困惑。且此前，文化部和版权局一直在为利益分配问题明争暗斗，重叠的收费体制无疑加重了KTV经营者的负担。
第二，集协作为管理主体的合法性也存在问题。KTV版权费在2006年就开始收取了，而音集协在2007年还处在筹备当中。根据《著作权集体管理条例》的相关规定，在未完成社团登记的情况下，中国音像集体管理协会尚不具备著作权集体管理组织的法律主体资格。因此，由它制定版权使用费标准并委托非著作权集体管理组织中国音像协会代为收费，就有违法之嫌了。
第三，著作权人及邻接权人在集体管理组织中的角色定位不明确。2010年1月25日，中国音像著作权集体管理协会第二次会员大会在北京召开，来自全国的56家会员代表参加了会议。截至2009年12月31日，音集协共有会员60家，涉及权利人单位112家，取得授权歌曲83686首。可见音集协会员数量有限，且会员大会召开次数有限，且没有明确执行机构中版权人的比例，所以版权人在集体管理组织中处于弱势地位，并没有多大的话语权，这对于一个以维护著作权人利益为设立宗旨的组织来说是不合理的。
此外，我国著作权集体管理方式行政色彩太浓，属于官僚管制方式，不但无法协调桥梁两边的著作权人和使用者，反而还容易激化两者之间的矛盾，所以有人质疑KTV版权费到底是服务费还是保护费。
2、利益分摊不公平，管理内容单一
根据《全国卡拉OK著作权使用费分配方案》分析，版权费扣除税费和全国卡拉OK内容管理系统8%后，50%用来支付成本(其中音集协提取23%，运营公司天合拿去27%)，剩下的50%才用来支付给音乐权利人。这种收费模式使得权利人本该得到的报酬瞬间有一半流失。[3]这对音乐作品及影视作品的创作人的积极性也是不小的打击。
