司法协助审查制度包括司法审查(Judicil review)和行政审查(Administrative review)。前者是审查请求是否条约或本国法所规定的法律条件。至于对事实和证据是否也要作司法审查，各国做法不一，一般认为这是主管办案的国家的司法主权，被请求国不宜过问。行政审查是对案件中涉及国家利益、对外关系等政治性问题进行审查，也可以称作政治审查。各国的政治、法律制度不同，必然导致上述审查制度的差别。目前，多数国家采取两种审查结合的双重审查制或称折衷制。双重审查既可保证法律的正当程序和当事人等的合法权利，又可维护国家利益和外交政策。
我国对外国请求的审查方式，各案做法不统一，还没形成定式。从当前来看，一般是由各主管机关共同“会审”，即行政与司法审查合二为一。现在有些学者提出建议，希望尽快使我国的审查制度规范化，建立适合国情的双重审查制。对引渡审查的一种设想是：外交部做为行政审查机关，对请求进行初审，如果认为可受理，则转交有管辖权的地方高级法院进行司法审查。高级法院根据审查结果，可分别作拒绝或同意的意见书，转送外交部进行最终的行政决定。其间，若法院拒绝请求的，其决定有约束力，由外交部直接通知请求国；若法院同意请求，外交部进一步审核时仍有权决定是否予以引渡。也就是说，司法审查机关与行政审查机关分别具有独立的否决权。
上述方案是一个比较合理的方案。但对我国公、检、法、司四机关中究竟由何机关做为司法审查的负责机关，尚存在争议。笔者认为，负责司法审查的机关应当是人民检察院。理由是：在大多数情况下，当外国提出引渡的请求或是提出协助侦查、取证的请求之际，案件尚处于追诉程序阶段，由法院负责审查，不符合其诉讼职能。人民检察院是国家法律监督机关，又是具有追诉职能的机关，因此由它把关比较合适。况且外国多由检察机关负责司法审查，我国也由检察院负责，便于对口联系。公安机关不是严格意义上的司法机关，不适宜承担司法审查职责。同时，分安机关具体执行引渡请求或协助调查取证的活动，也应象在普通刑事诉讼侦查程序中一样，受到检察机关的法律监督。另外，今后公安机关接到国际刑警组织发来的协查和通缉请求时，也应当先报请检察机关审核批准。再者，需要进行司法协助或引渡所涉及的案件性质不同，有些按国内管辖分工属于检察院侦查（如某些跨国经济犯罪），对此，不论是司法审查还是执行外国请求事项，都不宜由公安机关取而代之。不过，在少数情况下，人民法院也可以作为司法审查的机关，例如针对囚犯移管（由法院裁定）或者针对外国请求我国查明有关判决书和司法文件等。
