（一）检察机关的职能定位及工作联系制度
尽管中央文件肯定了检察机关承担预防职务犯罪的职责，但同时明确，检察机关预防职务犯罪是党委统一领导下的反腐败总体格局的组成部分，检察机关并不拥有超越检察职能的额外职权。高检院相关文件及领导人讲话均特别强调，开展预防职务犯罪工作要“立足检察职能”。[7]
在我国，反腐倡廉职责由检察机关、纪委监察部门共同承担，这个现状在短期内很难发生根本性变化。1993年2月，中共中央、国务院决定中央纪委和国家监察部合署办公，实行一套工作机构、两个机关名称、履行党的纪律检查和政府行政监察两项职能。地方各级监察机关与各级纪委合署后，实行由地方党委政府和上级纪检监察机关双重领导体制。此后，党的十五届六中全会和十六大都要求改革和完善纪律检查体制，纪检机关对派出机构实行统一管理。中央纪委、监察部自2002年开始统一管理的试点工作，2004年和2005年，对派驻国家机关56个部门的纪检组和监察局全面实行统一管理，由中央纪委、监察部和驻在部门双重领导改为由中央纪委、监察部直接领导，2006年制定了《关于中央纪委派驻纪检组履行监督职责的意见》。各省区市及所属的市、县（市、区）也进行了这方面的改革。
以上两次制度改革体现了中央高层对廉政机构建设的一个明确认识，即整合优于分散。把过去承担惩治与预防腐败职责的分散的组织力量尽量整合在一起，不仅可以提高工作效率、避免职能重合，而且可以降低机构运行成本。历经两次制度改革，惩治与预防腐败的主要职责仍由检察机关和纪检监察部门共同分担，两个机构的职能仍有很大范围重合。尽管建立高规格、专门性的反腐机构是世界范围内的成功反腐经验之一。但在我国，这一成功经验却很难借鉴，其障碍主要是体制上的。要建立高规格、专门性的反腐机构，唯一可考虑的思路是把检察机关的反贪、反渎部门和纪检监察部门合二为一（甚至还要转移公安机关经侦部门的部分职责），并对下属机构实行垂直领导。然而，与纪检、监察合署办公不同，反贪、反渎部门与纪检监察部门整合是对现行体制的深层变革，宪法和党章的有关内容也必须做出相应修改。其根本性障碍是由此引发的复杂政治博弈和高昂制度变革成本。在彻底完成机构整合之前，开展惩治和预防腐败工作就只能强调机构之间协调配合。为此，党的十五大提出的反腐败组织体制的建设思路（“党委统一领导，党政齐抓共管，纪委组织协调，部门各负其责，依靠群众的支持和参与”）一直延续至今。[8]
与惩治职务犯罪相比，预防职务犯罪职能更加分散。地方性预防职务犯罪条例规定的预防主体包括检察机关、纪检监察部门、审判机关、公安机关、审计部门及新闻媒体、公民、法人等。既然大家都搞预防，检察机关就不必（实际是不能）独当一面，于是高检院的规范性和指导性文件以及领导人讲话中就出现了“网络化预防”概念，随之不少文章来论证“网络化预防”的合理性和必要性。[9]至于如何启动“网络化预防机制”，还未见有人能说出个所以然。
事实上，在职能重叠的情况下，“网络化预防”必然要消耗高昂的交易成本；各部门之间的信息交流渠道常常受阻，相互推诿甚至相互掣肘的现象也难以杜绝。国际上预防职务犯罪的实践经验证明，与建立单一机构专门从事预防职务犯罪相比，由多个机构分工负责的做法并无任何优势可言。就预防职务犯罪的工作性质而言，由单一专门机构开展这项工作最有利于提高工作效率、降低机构运行成本。此外，在预防职务犯罪的各项业务（主要包括犯罪分析、预防调查、预防咨询、信息建设、警示教育以及争取支持）之中，也没有哪一项适合以机构分工或“网络化”、“社会化”的方式去开展。正因为如此，尽管地方预防职务犯罪条例已把预防工作分解到各个职能部门，却最终出现了检察机关孤军作战的局面。并且，在地方政治格局中由检察机关承担预防职责、在检察机关内部则由预防部门承担预防工作，已成为被各方面普遍默认的事实。
（二）预防职务犯罪工作的特殊性及其制度环境
中央高层在最近几年提高对预防工作的重视程度，最重要的原因是地方政治生态和政治潜规则的复杂性导致了高昂的干部培养成本，而地方政治稳定和经济发展又严重依赖于某些握有重权的干部。在干部选任缺乏弹性的情况下，惩治腐败的“扩大化”很可能会威胁地方经济发展和政治稳定。然而，提高对预防重视程度的中央指示一旦深入到基层，却很容易被扭曲变形。事实上，预防工作的特殊性以及地方决策者的复杂效用函数都不利于形成重视预防的激励机制，倘若没有这种激励机制，对于预防工作的重视就必然只会停留在口头或书面上的慷慨陈词。
如果把预防职务犯罪看做一个公共投资项目，其最大特点是产出不确定，既不可观察又无法计量：我们很容易统计侦查部门抓获了多少罪犯，却不可能弄清楚预防工作究竟阻止了多少犯罪发生。这带来了两个问题。其一，尽管可以从理论上推定预防可以减少犯罪数量，但实证研究却很难为此提供支持性数据。有专家将2003年以来每年查处的违法违纪案件逐年减少的事实作为预防腐败工作已初见成效的证据，{1}(P76)这种观点不是一厢情愿，就是自欺欺人。即使我们相信，预防的确可以减少犯罪数量，但若无法证明，与将同等数量的资源投入于惩治犯罪相比，将这些资源投入于预防犯罪会更大程度地减少犯罪数量，那么预防的重要性仍然是推测性的。正因如此，我们论证预防职务犯罪工作重要性时，无法求助于严谨的理论论证或令人信服的统计数据，而是更多使用一些修辞手段。所谓“标本兼治”、“从源头上防治腐败”以及吴官正书记曾经使用的“扁鹊治病重预防”比喻等，都是一些典型的修辞。{2}其二，尽管惩治职务犯罪与预防职务犯罪的最终目的都是减少犯罪数量，但前者可以通过抓获多少犯罪或挽回多少经济损失来衡量其工作成效，而后者却找不到据以评价其工作成效的数字化标准。
预防工作的特殊性严重制约了地方党政机关对预防工作的“投资意愿”。由地方党委领导组建的预防职务犯罪领导小组之所以总是处境尴尬，原因就在这里。地方党委为开展专项工作（诸如国家安全、维护稳定、应对群体性事件、义务教育、反恐、防灾、防震、抗洪、抗旱、抗美国白蛾等等）而建立的“领导小组”多达百余个，当“预防职务犯罪领导小组”与其他“领导小组”竞争地方党委的有限工作时间和工作精力的时候，其领导效果不言而喻。对于事务缠身的地方党委来说，预防工作从来不是当务之急。
