合理性比较复杂，有制度的价值(或目的)正当性，制度在外部关系上的协调性，以及制度在内部构造上的妥当性。在价值正当性方面，我们在论证上着力较多，也有高度共识。人民监督员制度的改革针对的是职务犯罪查办这一重要而薄弱的工作环节，体现了制约公权、保障人权、促进公众参与司法的原理和趋势。肯定人民监督员制度的价值正当性，也就从根本上肯定了推行此项制度的改革创意和方向。
在外部关系的协调性方面，现有论证关注不多。补强这方面的论证很重要，因为人民监督员制度与人民陪审员制度不同，它是创新而非成例；尤其是在组织构造上，人民监督员与人民陪审员有很大不同，它是一种外置于检察组织的设计，而非像后者属于审判组织的一部分。由于是外置，一旦引入就会在广泛的意义上涉及与其他制度在原理、组织、权能和程序上的衔接和整合问题。大到如何协调人民监督与检察组织的垂直构造、检察权的独立行使的关系，如何整合专业判断与“外行”认识，小到如何在宣布逮捕和开始侦查取证之间嵌入人民监督员对嫌疑人不服逮捕决定的及时有效的监督程序，如何处理案件办理期限与监督期限的冲突，如何解决人民监督员到羁押场所听取讯问，如何处理嫌疑人不服逮捕决定同时申请变更强制措施与人民监督员的监督程序的冲突等。诚所谓“牵一发而动全身”。
与外部协调密切联系，在内部组织和程序构造的妥当性方面，也需要有更加过细的论证。比如，人民监督员的选任是否能做到开放、客观、透明，如何看待在目前两万多人民监督员中有约64%的人大代表和政协委员的构成情况，如何针对试点中提出的问题、在厘定问题性质的基础上对该制度作出进一步的规范和完善，等等。这些都直接关系到制度的成败。
在制度的运作成效方面，我们已经做了大量的定性和定量分析，但还不尽如人意，甚至还有不少盲点。比如，按照检察机关公布的数字，截至2005年8月，在已监督的6719件“三类案件”中，人民监督员不同意检察机关原拟处理决定的315件，检察机关采纳人民监督员表决意见的155件。如何看待这组数字？155是315的49.2%，但315和155又分别是总数的4.7%和2.3%——这是一个体现工作质量的正常值、甚至良好值吗？如果是问题，那么如何体现问题和解决措施之间的比例原则呢？在统计中，我们也公布了试行人民监督员制度以来检察机关撤案率、不诉率下降，起诉率上升，以及职务犯罪侦查部门人员违法违纪案件大幅下降的数字，但却没有与试行人民监督员制度做必要的相关分析，使结论显得草率。另外，对于试行人民监督员制度的成本投入情况以及相关的投入—产出分析，对于该制度方案在选择上的相对最优等问题，也几乎没有说法。
