2、过于强调政府的作用，市场机制的作用空间被挤占。
真正意义上的水权交易是在平等的交易主体之间进行，以用水者之间的平等、协商为主，各种用水户和用水组织是主角，政府机关只能作为一个场外监管者，在水权市场交易中充当中间人或裁判的角色。而且，自由的市场交易本身会使水权价格趋向合理，强化用水者节约用水的动机。如果政府也作为该市场的水权主体，就极易扩大政府权力边界，权责不清，甚至以权谋私，违反市场公平竞争的原则，不利于水权制度的建立和完善。我国工农业之间水权转换的交易规则制定中过于强调政府的作用，水权交易要达成，需要政府多处审批，交易成本很高，这就会导致市场机制的灵活性不能充分发挥出来。张掖农户间水权交易虽然是农户之间的自主交易，但交易价格也是由政府限定，这在很大程度上抑制了市场机制通过价格调节的灵活性。
3、第三方组织缺位或作用发挥不到位
成熟有效的水权交易市场除了买卖双方参与外，一些中介如用水者协会、咨询服务公司、经纪人、代理商及投资商的参与也非常必要。美国的水市场，水权咨询服务公司在水权交易中发挥着非常重要的作用，几乎所有的水权交易都要通过水权咨询服务公司，[9]而我国在水权交易咨询公司方面还是空白，诸如此类的问题限制着我国水权交易的进一步发展。再比如，水权市场有效运作的基本前提是对供求关系有公开、透明、准确的基本信息，用水者协会为提供这类信息可以发挥关键作用。政府在获取供水信息上具有比较优势，但用水户却比任何人都了解自己的水需求。因此，用水者协会在传递信息上可以起重要作用。有时用水者为了得到更为合意的交易水价，对于水权交易迟疑、观望或者有别的想法，可能不愿披露，这就需要用水者协会这样的第三方组织从中协调。用水者协会也发挥着监督水权交易的职能。对于农户之间暂时的水权交易，要国家或地区组织专门的机构去监督，监督成本太高；相反，农户用水者协会监督成本低，监督效率高。我国张掖地区的水权交易，用水者协会发挥着重要作用，但其他地区的水权交易，用水者协会的作用十分有限。
三、我国水权转让制度的完善
（一）水权转让制度的法律完善
1、民法之完善
第一，赋予所有单位、公民个人以水资源使用权，并明确其物权性质，以进一步全面保障公民个人水权的实现。第二，允许水资源使用权的买卖、出租、抵押或以其他形式合法转让。第三，在水权转让过程中确立侵权的民事责任。由于环境侵权所引起的损害赔偿数额十分巨大，有时转让双方也无力全部承担，所以目前国际上有公害损害赔偿社会化的趋势，也就是由可能造成公害的企业或个人定期交纳一部分款项建立公害赔偿基金，以弥补实际损害赔偿数额的不足。
2、
刑法之完善
第一，在水资源犯罪案件中确立无过错责任原则。第二，在破坏环境资源保护罪中，增设非法转让水权罪。明确规定:违反水资源保护法规，非法买卖、出租、抵押或以其他形式转让水权，造成水资源严重破坏的，应当承担相应的刑事责任。第三，增设非法取水罪。非法取水罪是指一切单位和个人未经行政许可取水或虽经行政许可但不按照取水许可的时间、地点、程序、方式和数量超取、滥取而造成或可能造成水资源破坏重大后果的行为。
