而汇总纳税制度则与之不同，它所关注的不是企业集团内部的各个关联企业之间的关联交易，而是在关联企业的经营成果实现以后，其收益或亏损的汇总纳税问题，在这个阶段，它不强调各个关联企业的独立，而恰恰强调它们之间的关联，强调它们的盈亏的整合。
可见，两类制度分别适用于前后相继的两个阶段。转移定价制度是在税前的盈亏形成阶段，强调独立交易原则(或称独立竞争原则、公平交易原则)，它直接影响个体税基的形成；而汇总纳税制度则强调的是在企业个体的经营效果已发生，收益或亏损客观实现以后，通过汇总来使总体税基发生变更。两者的制度目标、所适用阶段等都是不同的。此外，从经济学的意义上说，转移定价有其合理性，它有助于企业降低交易成本，实现多方目标，但从法律的意义上说，则可能造成很多负面影响，因而在税法上要通过转移定价制度来予以规制，体现的是外部市场上主体独立竞争的要求，强调的是个体本位；而汇总纳税制度则强调整体本位，强调的是企业的非独立竞争性，体现的是内部市场通过整合盈亏来降低税收成本的要求。
此外，汇总纳税与亏损结转制度的关联也值得研究。从制度设计上看，亏损结转主要从时间维度，通过对企业不同年度的盈亏纵向相抵，来实现税基的跨年度调整，从而在更长的时间范围内确定企业的应税所得额，使企业得到递延纳税和降低税负的优惠；[19]而汇总纳税则主要从主体和空间的维度，来实现多个关联企业的盈亏相抵，以通过盈亏整合实现税基调整，从而在总体上降低相关主体的税负。此外，亏损结转同样强调个体的意义，即作为独立个体的企业，可以进行亏损结转；而汇总纳税则强调整体的意义，它使整体福利最大化。两者在这个方面的区别，类似于汇总纳税制度与转移定价制度的区别。
六、结论
企业集团汇总纳税问题是需要学界深入研究的复杂问题，对于汇总纳税的用语、适用范围以及与相关制度的关联等问题，都需要做出梳理，才能进一步研究其中的相关法律问题。本文在对汇总纳税问题做出基本界定的基础上，着重探讨了汇总纳税制度的特异性及其制度目标，以及该制度中的税权配置等问题，强调汇总纳税制度的特异性，在于它是通常的独立纳税制度、属地纳税制度的例外；而它之所以会有特异性，同其制度目标直接相关。事实上，如果不是为了实现特定的制度目标，也就不需要可能受到质疑的汇总纳税制度。而正是为了实现特殊的制度目标，才需要在该制度中做出特殊的税权配置，才需要强调国家税务总局在汇总纳税方面的专属的审批权，才会在汇总纳税方面体现出突出的政策性或差异性。
作为上述问题探讨的进一步延伸，本文还关注了汇总纳税制度与相关制度或法律原则的关联，透过这些制度或原则之间的关联甚至冲突，可以更进一步地解析汇总纳税制度的特异性，可以更进一步地理解该制度的目标。事实上，本文有关汇总纳税制度与独立纳税制度、属地纳税制度的相对冲突的分析，意在进一步说明汇总纳税制度的特异性，强调它只是一种附条件的例外；本文有关汇总纳税与税法基本原则关系的分析，试图说明的是汇总纳税制度目标的实现可能与税法基本原则存在的冲突，以及实践中可能产生的诸多质疑或诸多问题，这就要求在制度的确立和完善方面要更加慎重地考虑到该制度存在的不足；而本文有关汇总纳税制度与转移定价、亏损结转制度的关联的探讨，则隐含着对税权配置或税收利益从个体本位到整体本位的关注，隐含着传统制度中所强调的个体主义思想到现代制度中所强调的整体主义思想的关注。而这些方面，对于深化对汇总纳税制度的认识，对于该制度的完善和发展，都是很重要的。
