如果把汇总纳税看作税收优惠，就会涉及税收公平等问题，从而涉及汇总纳税是否符合税法基本原则及其制度目标的合法性等问题。因为依据税法原理，税收优惠就是作为一般课税要素的例外而存在的，属于税收特别措施，它同样要符合和体现税法的三大基本原则，即税收法定原则、税收公平原则和税收效率原则。据此，可以从税法基本原则的要求的角度来研究汇总纳税的相关问题。
依据税收法定原则，汇总纳税制度也必须法定，包括制度的适用主体、适用领域、汇总条件和方式等，都必须有明确的法律规定。从我国目前的相关规定来看，汇总纳税制度虽然在国家立法中有其依据和体现，但其核心内容是通过征税机关发布的一系列规范性文件来确立和体现的，立法层次太低，适用条件也并不明确，导致行政裁量权过大，因而与税收法定原则的要求还相去甚远。
正由于没能很好地体现税收法定原则的要求，在贯彻税收公平原则方面，现行的汇总纳税制度也有许多问题。例如，从横向公平的角度看，为什么同样是企业集团，却只有某些企业集团才能适用汇总纳税？为什么同样是在规定范围内的企业集团，却只有少数的几类才能获批适用汇总纳税？诸如此类的问题必然会引起人们的关注。尽管对此可以从政策因素等角度做出解释，但有时政策本身的合理性也会受到质疑，因此，还需要从形式公平与实质公平等方面做出令人满意的回答。此外，从纵向公平的角度看，相对于弱势的中小企业来说，企业集团本来经济实力就强，享受的公共物品也更多，应该在税收上为国家做出更大的贡献，给予其实质上的税收优惠是否合适？特别是给那些具有明显垄断地位的企业集团以税收优惠，是否会进一步加剧垄断，是否会更加影响经济效率和消费者利益？这些问题都还需要做进一步的研究。
同样，与上述两大原则密切相关，从税收效率原则的角度看，汇总纳税是否会扭曲市场的资源配置并进一步在总体上降低经济效率？是否真正降低了征税机关的征收成本和相关企业的纳税成本？这些还都还需要仔细测算，不能仅从制度规定上作出简单的推断。
上述与税法基本原则相关的各类问题都可能会有人提出，与之相关的还有一些深层次的问题，需要从理论上作出解释和回答。例如，企业集团自身的发展，或者国家对企业集团发展的促进，是否就代表了公共利益？对公共利益应当如何界定，如何看待？其中所涉及的公平与效率应如何界定，两者关系应如何摆正？这些问题对于回答汇总纳税与税法基本原则关系问题是很重要的。此外，如何提高集团化的规模效益，如何提升企业集团的竞争力？企业集团的成本应当由谁来承担？汇总纳税的结果是否构成纳税人集体买单？这些都需要进一步深思。随着企业的日益独立及市场竞争的日益加剧，随着对公共利益理解的进一步深入，人们对上述问题的认识也会有越来越多的共识。
(三)汇总纳税与转移定价、亏损结转制度的关联
与企业集团密切相关的税法制度，不仅有汇总纳税制度，还有转移定价制度和亏损结转制度等。这些制度既有其共通性，又有其差异性，需要进一步辨析研讨，以增进对税权配置和利益保护等问题的认识。
众所周知，在企业所得税领域，有一类专门的转移定价制度，尤其适用于企业集团内部的各类关联企业，其核心是解决关联企业的转移定价问题。事实上，各类企业集团所涉及的分支机构及子公司，都是典型的关联企业，按照税法的规定，它们在从事交易活动时，必须按照独立交易原则，来收取或支付价款、费用，否则，如果通过关联企业之间的内部交易来转移定价(从而转移利润)的话，则其交易结果在税法上不予承认，税务机关由此享有对其应纳税额的调整权。[18]可见，转移定价制度强调关联企业之间的交易必须公平，要像不存在关联关系的市场主体那样从事交易，即更强调各个关联企业的独立性。
