五、需要进一步研究的几个问题
以上简要探讨了汇总纳税制度的特异性、制度目标及税权配置等基本问题，其中涉及的一系列重要问题尚需进一步展开，如汇总纳税与独立纳税原则的关系应如何看待，汇总纳税是否具有税收优惠的性质，是否影响税收公平，在税权配置方面与其他相关制度有何区别，等等。为此，下面拟集中简要探讨如下几个问题：
(一)汇总纳税：独立纳税原则的例外
如前所述，汇总纳税制度只是一种具有特异性的普遍规则的例外。从纳税主体理论以及征管理论的角度说，应当以独立纳税、属地纳税为基本原则。依据独立纳税原则，只要是税法上的独立纳税主体(尽管其未必有民商法上的独立主体资格)，就应当独立纳税，而不应当与其他主体合并汇总纳税，这涉及纳税义务的归属以及义务的独立承担问题。但从汇总纳税制度来看，许多母公司的子公司在税法上完全可以构成独立的纳税主体，只是因其与母公司的特殊关联关系，只是由于符合国家的相关鼓励和促进企业集团发展的相关规定，它们可以按照汇总纳税的办法纳税。但是，这种例外，也并不是对基本的独立纳税原则的完全否定。一方面，当相关主体不合股权等方面的要求时，仍然要回归为“独立纳税”；另一方面，即使在汇总纳税的情况下，相关的税收信息也必须报告所在地税务机关以接受监督，从而与独立纳税具有形式上的一致性。因此，汇总纳税制度与独立纳税原则的冲突是相对的，独立纳税原则及其原理仍然具有基础性的地位。
从原理上说，企业或公司的非独立性，可能带来税收缴纳上的非独立性，即在相关企业存在非独立性，且国家设有汇总纳税制度的情况下，就可能排除独立纳税原则的适用。但关键性的前提是：国家必须有专门的汇总纳税制度，否则即使存在着许多不具有独立性的情况，也难以适用汇总纳税制度。
独立纳税原则与汇总纳税制度之间的关系，还可以从企业所得税中的古典制与整体制两类模式的区别上得到一定的启发。在解决经济性重复征税的问题上，以美国为代表的古典制模式，以“法人实在说”为理论基础，强调公司与其股东都是独立的主体，应当依法分别独立承担纳税义务，这与独立纳税原则是大体对应的；而以欧盟的一些国家为代表的整体制模式，则以“法人虚拟说”为理论基础，强调公司可以与其股东视为一个整体，因而可以对公司与个人的纳税义务予以合并考虑，“一体化”解决。[17]这种合并考虑、整体综合的思想，又与汇总纳税制度的基本精神相似。因此，如果把整体制模式的思想推而广之，考虑到公司与其股东(在此指母公司，也可进一步推广为总公司)之间的内在关联，可以把它们之间的纳税问题也予以合并考虑，这也是一种整体化的汇总纳税的思路。
相对说来，虽然汇总纳税制度不能与上述两种模式简单等同(它有时甚至类似于二者的折衷)，但从总体上说，汇总纳税制度强调的是整体利益的最大化，因而更偏向于整体制模式，体现的是一种整体主义思维。这与企业集团的整体战略，与国家的整体考虑，与税法调整追求的整体效果，都有内在的关联。
此外，从与独立纳税原则直接相关的属地纳税原则来看，纳税主体在哪里纳税直接关系到税收管辖权与税收收益权的问题。而汇总纳税则改变了一般的属地管辖，改变了税源地政府的税收收益状况，因而会影响中央和地方的税收分配关系，并会在更大范围内影响中央与地方的关系。这是与经济和政治都密切相关的重要问题，必须予以重视。
(二)从税法基本原则的要求看汇总纳税
如上所述，汇总纳税是独立纳税原则的例外，而例外是否就是一种优惠？毕竟，国家征税的原初动因，是获取近期的和长远的税收利益，但在汇总纳税的情况下，却往往要以国家税收收益的让渡为前提。从国家“让利”、企业减负的角度说，汇总纳税是符合税收优惠的一般含义的，一些经济学者也由此将其视为一种税收优惠。当然，这种优惠是税基上的，而不是税率上的，其效应有些类似于亏损结转。
