尽管汇总纳税制度有其特殊性，但因适用于该制度的主体(目前是几类特殊行业的大型企业集团)在国计民生方面举足轻重，其经营网络遍及全国，对现实生活影响深刻而广泛，使得该制度的实际适用范围并不狭窄，其中存在的诸多法律问题不仅涉及税法，还涉及公司法或企业法、会计法、竞争法、产业法，以及宪法、行政法等诸多领域，因而确应对其从不同角度展开深入研究。
目前，对于企业集团汇总纳税制度本身的特殊性或与其他相关制度的差异性，对于其制度目标及税权配置等基本问题，学界还缺少基本的研究，但这些问题非常重要，因而本文拟予以初探。此外，企业集团的汇总纳税制度与独立纳税制度的冲突、对税法基本原则要求的体现，以及与转让定价制度、亏损结转制度等相关制度的关联等问题，本文拟进一步辨析研讨，因为这有助于进一步揭示汇总纳税制度的特异性及其制度价值，促进现行制度的完善。
二、汇总纳税制度的特异性
企业集团汇总纳税制度的特异性，指的是该制度与其他纳税制度相比所体现出的特殊性和差异性。如前所述，该制度作为企业所得税领域的一项特殊制度，是通常实行的独立——属地纳税制度的例外。本来，按照独立——属地纳税原则的要求，母公司控股的子公司，完全可以依法作为独立的纳税主体直接向机构所在地的税务机关纳税，而不应与其他分支机构或子公司等一起汇总纳税。因为无论是哪个分支机构或子公司有亏损则在汇总纳税时都会在总体上降低税基，从而减少企业的总体纳税支出和国家的税收收入。
汇总纳税制度作为一类特殊的税法制度，因其在主体等方面有特殊的限定，故在适用范围上并不具有一般税法制度的普适性，这也可视为税法普适性的一个局限。[5]而这种局限是同整个经济法上的“差异性原理”联系在一起的。在税法领域，由于纳税主体的地位、实力或纳税能力不同，国家在经济政策、社会政策方面会有许多特殊考虑，可能对不同主体实施税法上的差别待遇，从而形成了税法上的诸多例外性制度。汇总纳税制度强调的就是不同主体在税基确定上的差异性，或者说是某些主体在税法待遇上的特殊性。
汇总纳税制度的特异性，与该制度所适用主体的特殊性直接相关。按照现行规定，享有汇总纳税申请权的，必须是符合规定的企业集团(都属于“大企业”)，这同以往税法制度中强调的对“中小企业”的税收优惠安排是不同的。目前，已经过批准实行汇总纳税制度的，主要是金融业、电信业、运输业等产业的大型企业集团，如各大银行、证券、保险公司，各大电信企业，等等，[6]都是社会公众耳熟能详的，它们都直接关乎国之大计、民生根本。从自然状态上说，各大企业集团都具有地理上的跨地域性，分支机构的复杂性等特点；同时，各类主体一般在实际上都具有突出的垄断性(体现为经济垄断、行政垄断、自然垄断或其结合)；有些主体(如政策性银行等)在理论上还具有一定的公益性，而这些特殊性对于汇总纳税制度的形成和发展是很重要的。
地理上的跨地域性和分支机构的复杂性，是上述各类企业都具有的特点。但具有这些特点的并不只是上述企业集团，其他许多行业的企业集团也都具有这些特点。为什么同样具有上述特点，其他行业的企业集团尚未适用汇总纳税制度？为什么各类企业集团在税法上的待遇并不相同？对于这些问题的认识，同样莫衷一是，见仁见智，其中，自然也包含着对现行制度的批评和完善建言。例如，有人认为，对不同企业集团实行税收上的差别待遇是显失公平的，将汇总纳税制度适用于各类企业集团，恰恰是未来税法修改的方向，[7]这是不无道理的。从以往的制度实践和相关原理来看，某个行业或企业集团对国计民生影响的重要性，以及与之相关的垄断性、公益性，会影响制度的政策性；而制度的政策性，也就是制度的特殊性或差异性，因为“没有区别，就没有政策”。事实上，上述金融业、电信业、运输业等行业的企业集团所具有的垄断性或公益性，以及对国计民生、经济和社会稳定的重要性，是其适用汇总纳税制度的重要基础；国家基于经济、政治和社会等方面的考虑，对国有企业以及国有控股企业的特殊关照，是确立汇总纳税制度的重要动因。
