相对人“起诉难”的原因是多方面的，既有法律之内的原因，也有法律外的原因，例如，当事人的起诉明明符合起诉条件，法院却出于非法律因素的考虑，不予受理。在法院看来，受理并不仅仅是一个法律问题，同时也是一个政治问题，立案要考虑政治效果和社会效果。最高法院因此要求，“对于一些新类型案件，如果暂时拿不准是否应当作为行政案件受理，应当慎重对待，可以向上级法院请示，或者在妥善处理法律效果和社会效果关系的前提下，进行尝试和探索”。[4]
但这只是问题的一个方面，行政案件“起诉难”的重要原因在于我国现行法所规定的制度上。审视当前我国的行政起诉制度，可以发现，它存在诸多不利于当事人行政起诉权实现的问题：
1．过分强调法院的职权作用。我们并不排斥法官在诉讼中的职权因素。但在我国行政诉讼程序运行的某些环节上，法官的职权色彩过于浓厚。按现行立法，只有法院经过审查决定受理以后，诉讼程序才开始。法官在审查起诉即受理阶段就进行实质审查，既不听取原告意见，也不听取被告意见，如法院自己认为起诉不符合条件就不予受理。在诉讼系属这一环节上，当事人的起诉并不必然引起诉讼系属的效果。对于无正当理由拒绝受理当事人起诉的，法律也没有规定任何法律责任。行政案件起诉制度上的重法院权力、轻当事人权利的立法倾向，让人感到法院对纠纷的审判是法院对当事人的恩赐。
2．过分关注“庭审”，忽视起诉程序的解纷功能。不管怎样，有效且恰当地解决争讼、尽早地终结案件，应是行政诉讼最直接的目的之一。但我国现行的行政诉讼结构是审理型的庭审中心主义，重庭审、轻庭前，这种结构的好处是突出庭审，通过庭前，查明事实、解决纠纷。但这种结构也存在很大缺陷，那就是结构失衡，不能充分发挥起诉阶段的纠纷解决功能，无法使尽可能多的案件在未进入正式庭审阶段即可告终结，最大限度地减轻当事人的负担和法院的审判压力。
3．混淆起诉要件与诉讼要件。所谓起诉要件，是指诉的适法提起所必需的要件。欠缺此要件时，即使存在起诉行为，其起诉在诉讼法上也视为不成立。诉讼要件一般包括：(1)当事人是否适格，这就包括了我国现行行政诉讼法所要求的是否具有“利害关系”的问题；(2)是否属于重复诉讼，即实践中所谓的是否属于“一事不再理”的问题；(3)是否属于法院主管和管辖；(4)是否具有诉的利益。
