三、学校内部应当建立、健全一套有效的申诉制度，来确保学生的权益不受侵犯，监督高等学校自身所作出的处分。就目前的21号令的规定看，该规章只规定了“学校应当成立学生申诉处理委员会，受理学生对取消入学资格、退学处理或者违规、违纪处分的申诉。学生申诉处理委员会应当由学校负责人、职能部门负责人、教师代表、学生代表组成”（第60条）。但是究竟如何看待该委员会的职能？是将它作为学校的一个内设机构看待？还是作一个相对独立的裁判机构看待？是体现为学校自身的一个监督机构，还是主要作为维护学生权益的一个非权力机构？我认为应当更多的基于对学生权益的维护，对于学校与学生之间纠纷的裁判而建立。决不应当将之视为学校的某一个简单的职能部门，作为校长的助手。对于这一点，实践中的做法往往存在很多问题，因为从组成人员到会议程序，往往是学校管理方面来主持和控制，这样使得这种申诉形同虚设。我以为，这里应当注意到组成人员的来源与比例问题。同时还要考虑应当以听证的形式举行，让当事人或其代理人参加申诉处理委员会的处理，应当经过举证、质证和认证的过程，应当听取当事人的陈述与申辩，而不能只规定为书面审理。据我了解，如果只实行书面审理，当事人并不参加进来，那么最后的结果可想而知。这种制度便不能发挥其应有的作用和功效。所以，除非当事人主动放弃，否则应当举行公开听证，由学校有关职能部门与大学生作两造当事人，由学校申诉处理委员会基于听证情况，再作出处理决定。至于申诉处理委员会成员中，应当明确规定教师、学生的比例均不得少于三分之一，而且还应有法律专家或律师以及教育专家等参加。学校负责人与职能部门的总人数应予严格限制。而且该方的人士不应担任听证主持人。
从前面所涉中央民族大学和北京外国语大学的学校申诉处理看来，几乎都是清一色的维持。在实践中，我也很少看到有通过申诉处理委员会予以改变的情形。这些问题很值得反思与检讨。其中主要的是制度设计问题。同时理论上也应当进一步分析与研究，这种申诉委员会的性质到底是什么？它的功能定位如何？它的处理工作应当遵循一套什么样的程序，才能确保其公正、合理与适当。学校的申诉处理委员会所作出的决定的效力究竟怎样？如果学校申诉处理委员会的复查决定改变了学校的原处理决定，而学校坚持不改的话，大学生如何申请执行申诉处理委员会的决定？
从目前21号令的规定来看，只规定了“学生对处分决定有异议的，在接到学校处分决定书之日起5个工作日内，可以向学校学生申诉处理委员会提出书面申诉”（第61条）。“学生申诉处理委员会对学生提出的申诉进行复查，并在接到书面申诉之日起15个工作日内，作出复查结论并告知申诉人。需要改变原处分决定的，由学生申诉处理委员会提交学校重新研究决定”（第62条）。
