2001年
国家税务总局《关于改进和规范税务稽查工作的实施意见》（国税发〔2001〕118号）明确提出在市（地）、县（市）两级逐步实行一级稽查体制。在市（地）的全部城区、直辖市的区和县（市）的全域集中设立稽查局进行一级稽查；在大城市或城区较大、交通不便的城市，市稽查局可以适当设立少数分支机构或派出机构，以保证有限的稽查力量充分使用。这样，一级稽查的逐步推进，将成为促进税务稽查机构纵向体制完善的制度基础。
2．依法确认税务稽查部门为有较高独立性的办案机关
在理论上，税务机构的专属管理权，具体分为专属征管权和专属检查权。专属征管权与专属检查权，是不能互相代为行使的，否则就不成为专属权。故应当抓紧修改《税收征管法》，制定具体管理办法，加强稽查组织体系的构建，加快稽查的专业化进程，使稽查机构成为独立于征收系统之外，有较高独立性的税务稽查办案机关，并赋予其管理和直接办案执法的职能，使其既是一个稽查实体，又是一个稽查管理指挥中心，以使稽查部门真正独立行使对外打击偷、抗、骗税行为，对内以查促收、以查促管、以查促廉的职能，充分发挥稽查在整个税收工作中的重要作用。
对于日常检查则归属于征管机构职能为宜，征管部门在税收征纳过程中既负担对纳税人和扣缴义务人履行程序法方面的管理，如税务登记等，又负责进行实体法方面的管理，如确定计税依据等，为其进行日常检查提供了充分的信息资源。稽查机构主要进行专项稽查和专案稽查，这样将更有利于合理安排稽查的力量，从而建立一支以实现税收公平正义最大化为目标，以保障善良纳税人的合法权益、维护正常的税收秩序为宗旨，以查处税收大案要案、打击税收犯罪活动为主要任务的精干、高效、公正、廉洁的税务稽查队伍。
3．赋予税务稽查部门较大的执法权
如前所述，税务稽查部门的主要职责在于查处税收大案要案，故需要在从法律上确认稽查的执法主体资格的基础上，赋予税务稽查部门较大的执法权，为稽查部门采取税收保全、税收强制执行措施、暂停支付和扣款，以及对有关证据实施保全措施等提供必备的法律依据，只有通过法律上的明确规定，税务稽查才能真正得到司法机关的支持。与此同时，可考虑修改《税收征管法》，设“税务特别调查（或税务稽查）”专章。
针对涉税违法犯罪日益智能化、多样化、复杂化的特点，既需要协调好税务稽查与税收征管机构、税收法制机构的关系，依法明确各自的权力和责任；又需要拓宽部门（纪检、监察、财政、审计、海关、银行、司法等部门）协作的深度与广度。税务稽查部门应与外部执法或管理单位联手办案，建立情报交换机制。稽查部门应建立信息交换平台，掌握现代信息技术手段，实现多执法部门或管理部门的信息共享，建立稽查协作机制。
