（2）稽查机构与征管机构的协调缺失
“相互分离、相互制约”是
《税收征管法》对二者关系的基本定位，但同作为税务机关的职能部门，除了彼此之间的相对独立性，稽查机构与征管机构又是相互依存、相互制约、相互促进的有机整体。但实践中，由于二者在职能划分上存在交叉，在重复检查之外，还存在着征管机构在日常检查和纳税评估中，发现被查户和被评户以往年度有重大问题也不按规定程序移交稽查局，而是直接查补税款，加收滞纳金。或是虽然稽查机构在稽查过程中获取了重要信息，但由于缺乏有效的信息传导和沟通机制，使得征管机构不能进行有效的管理。或是征管机构片面地理解了集中征收、重点稽查的内涵，不能给稽查机构提供信息支持，从而使得稽查泛化。这种信息上的不沟通造成的管理盲区，给诸多偷逃税单位和个人可乘之机，严重削弱了税法的严肃性和刚性。
因此，作为税收功能实现的重要支柱，稽查与征管只有在分工明确的基础上，形成合力，才能有效地保证彼此功能最大地发挥。
3．税务稽查的外部关系——与公安、检察机关等部门
税务稽查的涉案对象为在税收征管活动中有纳税义务的纳税人、扣缴义务人、纳税担保人及相关当事人。根据我国《
刑法》、《
刑事诉讼法》、
《税收征管法》及其他相关法律法规的规定，税务违法案件由税务机关管辖，涉税犯罪案件由公安机关的税案侦查部门管辖，由于税务、公安两机关查处、侦办税案的执法力度和专业技术力量各有不足，导致涉税案件的查处工作有时是心有余而力不足。一方面，由于稽查权限不足，税务稽查的职能实际上被分解为税务机关和公安机关的三个部门，即税务机关的征管机构、稽查机构和公安机关的经济侦察机构，因此稽查机构在调查取证、追缴税款等方面，需要相关执法部门或管理单位建立稽查协作网络，联手打击偷逃骗抗税等违法行为。另一方面，由于没有明确的协查机制，松散型的税警配合，使税收执法刚性并无实质性提高，税务稽查的手段有限，使得其职能实现受到很大制约。
4．税务稽查的纵向关系
我国目前国税、地税系统分设，而稽查部门也同时存在国税和地税系统。一方面造成了成本增加和效率低下，另一方面尤其在后者，地方政府的干预使得稽查机构的独立性再次被削弱。
虽然分税制下分设国税、地税两套系统，在税收征收管理上和财政利益的划分上有一定必要性，但把这种分设关系应用到案件查办当中，反而降低了稽查效率。无论是专项稽查还是专案稽查，往往同时涉及国税和地税系统，因此对于特定纳税人而言，除了要接受一个系统（国税或地税）的两个以上部门（征管机构、稽查机构等）的检查，还有接受另一个系统检查的可能性。尤其在两个机关认定的事实不一、处理意见不一的情况下，不仅造成了对纳税人带来的负面影响，同时影响了税务部门的效率和合法性。
