首先，在交叉持股结构中，各个企业相对于他企业几乎都居于一种“内部人”的地位，即使其形式上不属于
证券法有关内部人的定义。但交叉持股制度存在本身就有成为内线交易温床的可能。实际上，内线交易的传言背后也经常有交叉持股制度在其中作怪。其次，为稳定经营支配权，交叉持股企业经常是长期间持有而不在市场上买卖，严重者将造成市场上筹码不足，影响市场正常供需秩序，而有可能对市场股价带来大幅震荡。最后，由于交叉持股制度促使企业吸收他企业增资时发行的新股，令企业得以较无后顾之忧地发行新股，但若过分肆无忌惮地增资，将导致市场筹码超乎正常水准，而有崩溃的可能。由此可见，交叉持股隐藏着引发泡沫经济的危险性。
3.损害股东权益的公平理念
公司支配控制权，原则上应依股东自治理念，由股份表决权来决定谁来行使。然而，在交叉持股的状态下，由于公司持有他公司股份，其表决权是由公司经营者代表行使，在纵向的放射型或其变形的交叉持股架构下，子公司经营者受控于母公司，其有关母公司或其他子公司股份表决权的行使，亦惟命是从于母公司；另一方面，在横向的环状型或网状型的交叉持股架构下，各企业经营者最合理的行动模式，乃是不干预他公司的经营权，以换取他公司亦不干预自己公司经营权的承诺，从而在共同默契下，各该公司经营者乃将自己持有他公司股份的表决权，委托他公司经营者代理行使，结果造成各个经营者对于交叉持股体系下的自己公司股份，享有完全的自主控制权(日本大型企业集团的交叉持股模式，即属此类。有关的批判，参见奥村宏著《日本的六大企业集团》，朝日新闻社，1994年)。纵向交叉持股结构中，位居中心的母公司的经营者，尚需以自己资金取得母公司的控制权后，始有办法支配其他公司表决权的行使；但在横向交叉持股结构中，经营者可能完全无须支出任何自己的资金，就可以控制自己的公司了。然而不论何者，都背离了由出资方行使支配权的原则和理念。
4.引发公司间垄断行为
若公司间有相互竞争关系，但却彼此交叉持股，则在获取最大利润的共同目标下，这些公司有极大的可能会实施不法垄断联合，操纵市场价格或产量等。垂直的母子公司所为之交叉持股，具有促进各厂商进行关系专属性投资，提升厂商整体对外竞争力等优点，值得鼓励。但此举也意味着，当这些厂商因交叉持股而形成一封闭系统时，就有产生排外的可能性。实际上，在过去美国与日本两国为解决彼此间的贸易磨擦而进行的谈判中，美国即以日本企业的交叉持股惯行，不仅引发竞争企业间的联合行为，诸如分割市场、限制交易相对人、共同杯葛等，且在垂直的上下游厂商间，助长单独杯葛、排他交易等不公平竞争行为，导致日本市场的封闭、排他性，构成一种非关税贸易障碍，妨碍外国企业进入日本市场，要求日本进行规制。
三、对母子公司交叉持股的法律规制
