其次，效力待定合同在权利人追认以后导致权利人与处分人的法律关系难以界定。通说认为，追认是单方法律行为，追认权在性质上为形成权，行使追认权可以补正合同当事人的某些瑕疵，但却不能改变当事人的合同地位，不能使非合同当事人成为合同当事人，合同双方仍是处分人和相对人。犹如法定代理人的追认可以补正当事人的行为能力瑕疵，但合同并不对法定代理人发生效力。权利人在合同中地位如何界定，或权利人与处分人的法律关系是什么？委托关系显然不能成立，代理更不恰当。合同在订立时处分人是以自己的名义，而不是以权利人的名义。与英美法系的隐名代理行为有些相似，但是隐名代理有两个权利——本人的介入权和相对人的选择权，介入权使得本人成为合同关系当事人，相对人也只有在选择行为人（处分人）时才能维持两者的关系，因此也不适用隐名代理的规定。总之，效力待定合同使得权利人和处分人法律关系不清，也就埋下了“权利（物）瑕疵担保没有合法对象”的隐患，尤其对与人体生命生活密切相关的标的物，因缺陷或瑕疵导致利益受损时对于相对人和处分人都不能行使详尽的追偿权。
再者，有学者针对处分人事后取得处分权的溯及既往的效力质疑，即取得处分权的合同自始有效还是自处分权取得之日起有效？如果从无权处分行为开始，标的物就由相对人占有，则行为人事后取得处分权应当具有溯及力，相对人也可以获得标的物所生的孳息。如果从无权处分行为开始到处分人事后取得处分权这段时间，标的物曾经由权利人或第三人占有并取得利益，则处分人事后取得处分权不能发生溯及既往的效力。[3]
合同法以及相关司法解释中也没有做出明确的规定,正如上述所言的标的物在权利人手中占有的情况下,取得处分权是不是意味着将所有的孳息都归相对人呢?这与《
物权法》中“孳息归所有权人”的规定在时间的衔接上脱节。这不能不说是效力待定合同的一大缺陷。
最后，效力待定合同可能导致权利人追认权和处分人事后取得处分权矛盾。假设在房屋买卖合同中，如果甲和乙已经签订房屋买卖合同，但是尚未办理房屋产权的登记手续，乙法律上尚未成为房子的所有人。事后，乙将房屋转让给丙，甲以权利人的资格可能会对乙丙的房屋买卖合同不予追认或者拒绝追认。产权过户以后，乙成为了房子的所有人，具有了处分权能。权利人拒绝追认以后，无权处分行为不应该再生效力，但是处分人事后取得了处分权，从而应当产生无权处分行为有效，这两个权利便发生了冲撞。
