第一，干预模式允许法官主动援用诉讼时效，剥夺了权利人本来通过诉讼能够获得的给付，实质上使诉讼时效“除斥期间化”，并因而从根本上扭曲了诉讼时效制度。对于诉讼时效存在的目标或价值，学者们已经达成共识：（1）保护债务人，避免因时日久远，举证困难，致遭受不利益。（2）尊重现存秩序，维护法律平和。（3）权利上之睡眠者，不值保护。（4）简化法律关系，减轻法院负担，降低交易成本。④尽管基于这些公共利益或他人利益的考量，法律对权利人的权利行使进行了限制，并且在一定程度上牺牲了“欠债还钱”这类在人们心目中根深蒂固的道德准则，但是诉讼时效制度通过诸如诉讼时效中断、中止等制度设计为这种“牺牲”划定了底线，这足以表明诉讼时效制度对“剥夺”权利人权利所表现出来的审慎，也表现出诉讼时效制度与除斥期间制度在实现公共利益等目标的方式上存在着重大区别⑤。我国采取的干预模式则不仅没能贯彻诉讼时效制度本来应当贯彻的审慎，而且在实际上混淆了诉讼时效与除斥期间的不同规范功能，导致诉讼时效制度在某种程度上的变异。
第二，市场经济的逐步发育和市场体制的逐步形成，催生和强化着公民的权利意识和选择意识，对公民的自主选择的尊重已经成为众多部门法律体现“以人为本”的标志，以“私法自治”作为其基石范畴的民法显然更应走在前列。事实上，现代法律的一个重要发展趋势是当事人选择的范围在不断扩大，法律已经不再随意为当事人作出选择，而是努力为当事人的自由选择提供必要保障。当事人选择的意义也不在于选择结果的必然有利（尽管大多数情况下，当事人必然也能够选择对自己有利的结果），而在于选择本身，即当事人能够自己自由的作出选择，而不受他人的不当干预。相比之下，干预模式在某种程度上剥夺了义务人的自主选择，试图以一种“上帝”姿态为义务人作出自认为公平合理的选择。这种看似充分保障当事人选择公平性的制度设计（比如考虑到义务人对诉讼时效抗辩缺乏认识而未能提出抗辩）实际上正是对义务人选择权利的最大不尊重。相反，法律通过制度赋予和保障义务人抗辩的权利而不是试图干预其具体的行使与否，才真正符合诉讼时效制度的本旨。简言之，诉讼时效抗辩应当被理解为“制度安排的范本，而不是必须遵行的指令”[6]。
第三，诉讼时效效力的干预模式有损于法院作为裁判者的中立立场，而中立乃是司法裁判正当性的基本前提和保障。法院主动援用诉讼时效而驳回权利人诉讼请求的做法，在效果上相当于对案件作了如下的简化：权利人与义务人对簿公堂就是因为权利人要求义务人给付，而义务人因为诉讼时效已过而必然会拒绝给付。事实上，权利人与义务人对簿公堂完全可能是因为二人对合同的某些事项或条款存在争议等原因，而对是否清偿债务并没有任何异议。进一步而言，干预模式下的裁判者实际上是站在义务人的立场上看问题和想办法，而完全忽视了自己仅仅作为一个居中裁判者的司法角色要求。这种干预和管制不仅容易导致权力寻租而严重背离裁判者的职业道德和立场，而且基于“辅助弱者”的美好愿望而代替当事人进行选择却未必真的符合当事人的愿望和利益⑥。相反，私人自治模式通过确保义务人的选择权利，一方面由于未给法官留下替当事人进行选择的余地，从而也就避免了损害法官中立立场的不良后果，另一方面与民事诉讼的对抗式制度设计保持了协调一致。
第四，干预模式的具体实践可能出现不同裁判者有时援引、有时不援引的情况，这不仅导致由于非当事人自身原因而增大当事人胜诉或败诉的或然性，而且容易导致法院无法成功地向当事人证明判决的正当性。一方面，在干预模式下，在当事人未提出诉讼时效抗辩的情况下，法官是否援引而驳回诉讼请求（
《民诉法意见》第
153条）取决于其对诉讼时效期间是否已过的“查明”。由于这种审查是否能做到“万无一失”是不确定的，因此在某种意义上，义务人的胜诉或败诉（相对应的权利人的败诉或胜诉）也多了一层不确定性。另一方面，在干预模式下，法院被赋予了查明诉讼时效的权力（事实上也是义务，尤其是在享有抗辩权的义务人看来），如果法院因为没有能够查明诉讼时效期间已过的事实因而没有援用诉讼时效，并由此判决义务人败诉，则义务人通常会将其败诉直接归咎于法院甚至是具体的法官。相反，自治模式不会出现以上的两个难题，一方面，自治模式使所谓的或然性问题成为其权利行使（或不行使）选择下的必然性问题；另一方面，在自治模式下，如果没有援引诉讼时效抗辩而导致败诉，义务人成为唯一的归责对象（实际上是义务人的自我归责）。
