与EU和APEC相比，CEPA的执行运作机制则要逊色的多了，由于CEPA尚处于实施的初期阶段，还仅仅局限于一系列协议文件。虽然在内地和澳门签订的CEPA协议中，设置了一套执行机制——双方成立联合指导委员会，委员会由双方高层代表或指定的官员组成，委员会的职能包括，监督《安排》的执行，解释《安排》的规定，解决《安排》执行过程中可能产生的争议，拟订《安排》内容及增补修正等。但是即便是如此简单的执行机制，在内地与香港的CEPA中都没有加以规定，虽然目前广东和香港之间可以通过“粤港联席会议”的形式协商执行的问题，但是如果涉及到广东以外的其他各省的问题，就遇到了立法空缺的难题。香港中国总商会，就提出过这样的建议：“由于两地在法制和管理制度等方面还存在很大差距，执行CEPA的过程中，一定会碰到各式各样的困难和问题，建议政府成立专门的机制，以便统筹CEPA事宜，使得CEPA得以更好的落实。”[10]从这个意义上讲CEPA是有自身缺陷的，还亟待完善。
表：WTO框架下区域经济一体化模式比较（以上比较结果在下表中加以对比）
三、CEPA创造了WTO框架下区域经济一体化的全新模式
通过上述对WTO框架下的几种区域经济一体化模式的分析，使我们对CEPA的性质得以进一步明晰。目前学界对CEPA性质的争议主要在于“更紧密经贸关系的安排”究竟是国际法意义上的“创建区域性经济集团的安排”还是国内法上“中国国内经济一体化的安排”。笔者认为，我们既不能把CEPA理解为旨在建立“区域经济集团”或者“区域经济组织”的合作安排，也不能简单的认为它是一国国内各地区间经贸合作协定。而应该是WTO框架下区域经济一体化的一种全新的特殊的模式。
（一）CEPA追求的区域经济一体化不同于传统 “区域国际组织”的经济合作
首先，CEPA目前还仅仅是一个促进更紧密经贸关系的法律文件，而不是区域经济组织，这一点是与欧盟和亚太经济组织完全不同的。因为后两者的区域经济一体化同时也是区域经济集团化，它涉及国家间政治协作关系而不是纯粹国际经济合作问题。而且他们都是区域性国际组织，其成员都是主权国家，不仅它们的成员国都具有独立的国际人格者，而且它们本身也都在国际社会具有独立的法律人格。所以，传统WTO框架下的区域经济一体化通常指两个或两个以上相互分立的国民经济体通过契约或协议在区域内逐步实现产品和要素自由流动并协调宏观经济政策而形成经济联合体的过程。即区域经济一体化的过程同时伴随着“区域经济组织”或“区域经济集团”的产生。而CEPA是WTO框架下三个独立的关税区之间订立了区域协作安排，这个“区域”是“单独关税区”，而不同于由不同主权国家构成的地理上的“区域”的概念。并且CEPA目前仅仅是一个“安排”，而不是、也不会成为一个“组织”，即便将来CEPA的执行机构得到完善，也仍旧只是一种有具体执行机制的经济协作的安排，而不会成为一个区域经济组织。
