国家税务总局1999年4月发布的关于印发《
事业单位、社会团体、民办非企业单位企业所得税征收管理办法》的通知第
三条，对包括财政拨款在内的免征企业所得税的收入项目作了详细规定。在第四条又详细规定了征税机关确认财政拨款的条件，即须提供财政部门或上级拨款部门出具的拨款证明。
这些规定所规范的内容都是合理的，但不够全面。笔者认为，在新《
企业所得税法》实施条例中对财政拨款应作如下规定：区分一般法人企业和事业单位、社会团体、民办非企业单位企业，对前者取得财政拨款确认为不征税收入，应当较后者要求更严格的条件。比如必须经国家财税主管部门批准，以加强对财政拨款课税的控制，防止地方政府不当减少中央收入。而后者只须向征税机关提供财政部门或上级拨款部门出具的拨款证明即可。当然，有关地方政府财政拨款问题，尚需完善预算管理体制才能从根源上加以解决，《
企业所得税法》只能辅助性地解决相关问题。
2．关于行政事业性收费、政府性基金。
按照新《
企业所得税法》规定，“依法收取并纳入财政管理”的行政事业性收费，就可以作为不征税收入的限定条件，这是不够的。
我国现行规范行政事业性收费、政府性基金的法规包括：
财政部、国家发改委发布的《行政事业性收费项目审批管理暂行办法》、财政部发布的《关于
加强政府性基金管理问题的通知》、《
国务院关于加强预算外资金管理的决定》、《中共中央、
国务院关于治理向企业乱收费、乱罚款和各种摊派等问题的决定》等。其中，关于行政事业性收费项目的审批管理权限实行中央和省两级审批制度，即中央单位申请的收费项目设立，由国务院财政部门会同计划（物价）部门批准，重要的收费项目报请国务院批准。省级或省以下单位申请的收费项目设立，由省级政府财政部门会同计划（物价）部门批准，重要收费项目报请省级政府批准。设立政府性基金项目应当报财政部审批，重要的政府性基金项目，由财政部报请国务院审批。
另外有关文件还规定，经国务院及财政部批准设立和收取并纳入财政预算管理或财政预算外资金专户管理的政府性基金、资金、附加收入等，经国务院、省级政府（不包括计划单列市）批准并纳入财政预算管理或财政预算外资金专户管理的行政事业性收费，为免企业所得税项目。对这些免税项目，纳税人必须提供行政事业性收费、政府性基金设立和收取的批准文件、纳入财政预算管理或财政预算外资金专户管理的证明文件、入库凭证或缴款证明等。
