三是应照顾利害关系人的合法权益。亲子鉴定除了严格控制申请条件与程序之外，还应照顾到利害关系人的知情权、生育权、隐私权、名誉权之间的利益平衡问题。毕竟亲子鉴定不仅仅发生于父母子女之间，而且广义上的亲子鉴定还包括搁代亲属身份鉴定等。因此，应以当事人主动申请为原则，非必要情况法院不应主动介入。可以借鉴德国“信息自决权”指导下的做法，无论是涉案的子女还是涉案的成人，都必须得到他们明示的同意才能获取其身体基因样本，这种做法其实是在保护个人基因数据。在德国，如果男方未经女方同意，擅自做亲子鉴定，将被控侵犯人权罪，处以最长一年的有期徒刑，相关的实验室也会受到法律制裁。
最高院《
关于人民法院在审判工作中能否采用人类白细胞抗原作亲子鉴定问题的批复》也规定，对于双方当事人同意作亲子鉴定的，一般应予准许；一方当事人要求作亲子鉴定的，或者子女已超过3周岁的，应视具体情况，从严掌握，对其中必须作亲子鉴定的，也要做好当事人及有关人员的思想工作。同时还强调把“保护妇女、儿童的合法权益，有利于增进团结和防止矛盾激化出发”作为处理亲子关系诉讼的原则，这也符合我国婚姻法以及相关法律法规对保护妇女儿童合法权益的立法精神。
四是亲子鉴定结论的证据适用也应严格、审慎地决定是否采纳。最高院《
关于人民法院在审判工作中能否采用人类白细胞抗原作亲子鉴定问题的批复》认为，人民法院对于亲子关系的确认，要进行调查研究，尽力收集其他证据，对亲子鉴定结论，仅作为鉴别亲子关系的证据之一。因为亲子鉴定是科学技术的运用，不能保证绝对的准确率，所以，单纯的一家鉴定机构一次鉴定结论，不足以成为法定证据，只有被法律认可的鉴定结论，并经复核或者复议等程序确定下来的鉴定结论，且与受审案件有关的证明材料相关联，才有可能作为法定证据。
五是在亲属法上，在非必要的情况下，应重“法律推定”，而不主张轻易采取“事实认定”。亲属关系在法律上的体现就是权利义务关系，确定的权利义务关系是维持亲属关系正常运行的基本保障。一旦亲属关系某一环节出现差错，就会动摇整个亲属关系的权利义务结构。这不仅要在法律上付出权利义务重新安排的成本，而且在诸如家庭道德、社会伦理以及当事人心理等各方面带来连锁反应，对个人的健康成长与家庭的和谐发展不利。一旦制度设置出现了不合理的环节或者不必要的漏洞，还有可能给社会整体的秩序稳定带来制度安全方面的间接冲击。可以借鉴美国最高法院“子女最佳利益”理念指导下的做法，子女有知其双亲、接受亲情以及由此得到抚养的权利，在确认亲子关系时，若知悉生父符合子女最佳利益时，受诉法院承认亲子鉴定结果并作为证据资料；若子女不愿知悉生父，或知悉生父并不符合子女最佳利益时，判例法则会运用衡平法原理，在法律上维持该婚生子女的地位，不得随意变更。这其实就是笔者所主张的“以法律推定为原则，以事实认定为例外”的立法理念。当然，被法庭认可的亲子鉴定结论，应妥善处理好相关抚养、赡养、继承、侵权等纠纷。
