无论企业采取何种法律组织形式，其经济实质都是“以营利为目的的经营组织体”。其税收负担不得因其投资资金的不同有所差异。统一后的
企业所得税法应当对作为企业所得税纳税主体的“企业”做出明确的规定。从各国对个人以外的组织或者实体课税，大多是以法人作为标准确定纳税人的。合并后的
企业所得税法也应当以具备法人资格作为基本的标准确定纳税人。因此，新
企业所得税法应当废除现行内资
企业所得税法中以“独立经济核算”等经济标准确定纳税人的规定，而是明确作为企业所得税纳税人的“企业”应当是具备法人资格的“企业和其他取得收入的组织”，但不具备法人资格的企业，如个人独资企业和合伙企业，无论投资资金来源如何，均不适用
企业所得税法。
统一后的
企业所得税法纳税人不再按资金来源进行区分，而是根据其纳税义务的范围进行区分，因此，新制定的
企业所得税法可以根据国际上的通行做法，采用“登记注册地标准”、“实际管理机构地标准”或“总机构标准”，将企业分为“居民企业”和“非居民企业”。居民企业承担全面纳税义务，应当就其来源于我国境内、外的全部所得承担纳税义务；而非居民纳税人仅就来源于我国境内的所得承担有限的纳税义务。
2．统一企业所得税税率。现行内资企业和外资企业所得税的名义税率均为33%。但对外资企业还规定有24%、15%等多档优惠税率，使内资企业和外资企业的名义税率和实际税负存在较大的差别。税率是确定税负的要素之一，反映的是征税的深度，税率的差异是造成内、外资企业税收负担不公平的重要因素。合并企业所得税的重要内容之一便是统一适用于企业的企业所得税税率。
从主要的周边国家和地区来看，最高的是日本为37.5%，最低的我国香港特别行政区的16.5%，泰国为36%、韩国为34%。全世界159个实行企业所得税的国家（地区）平均税率为28.6%，我国周边18个国家（地区）的平均税率为26.7%。从我国当前33%的法定税率看，如不考虑税收优惠的因素，税率水平偏高，不利于我国企业参与全球范围内的市场竞争，不利于我国吸引外商投资。因此，合并后的企业所得税税率应当在统一的基础上适当降低。为保证企业在两税合并后，能够以其较低的税收成本参与全球市场竞争，合并后的企业所得税可以略低于我国周边国家（地区）的平均税率水平，确定为25%是合适的。这一税率水平比原来的法定税率降低了8个百分点， 比现在的内资企业税收负担有所降低，符合世界税制发展的潮流，与周边国家相比，这一税率和实际税负都是比较适宜的。从国家财政的承受能力来看，这一税率也比较适当。尽管内资企业的法定税率有所降低，但内资企业的税基会有较高速度的增加，内资企业所得税收入减少将与外企业所得税的增加大体相当，再加上最近几年我国财政收入每年都以较大幅度增长，如2006年全国税收收入达到完成37636亿元（不含关税、契税和耕地占用税），比2005年增收6770亿元[16] ，国家完全可以承受25%的统一企业所得税税率。
3．统一企业所得税的税基。税基即课税计算基础或课税标准[17] ，即是应税客体的数量，反映的是在某征纳关系中具体“可税”的量化的收益的额度，是从量上来限定征税对象，属于量的规定性[18] 。企业所得税法制度税前成本费用等支出的扣除办法和标准，直接关系到企业所得税的税基，直接影响企业的实际税负。原企业所得税制，在收入的确认、成本费用等支出的扣除方面，如可扣除的工资水平、捐赠、研发费用和广告费等以及免税收入的认定等，对内资企业和外资企业的规定不尽一致，是造成内、外资企业实际税负差异的重要原因。因此，合并后的
企业所得税法对税基计算应当作出明确的统一规定。
所得税的应纳税所得额的计算一般以收入和可扣除费用之间的差额进行计算。为此，新
企业所得税法应当对“收入”的范围作出明确的规定，明确规定“以货币形式和非货币形式从各种来源取得的收入”为计算应纳税所得额的基础。同时，对“非应税收入”和“免税收入”、不计入应纳税所得额范围的收入类型，如财政拨款、财政性资金、国债利息收入等收入，做出明确规定。同时，为解决当前各项支出扣除政策不统一的问题，应当对企业实际发生的各项支出扣除政策进行统一和规范，明确规定企业费用扣除的基本准则。合并后的
企业所得税法应当明确规定，企业实际发生的与经营活动有关的、合理的支出，包括成本、费用、税金、损失和其他支出，可以计算应纳税税额时进行扣除。对内资企业不能完全据实扣除的成本费用，如工资支出、公益性捐赠支出和企业研发费用支出，应当规定可以根据实际发生额如实扣除。除此以外，对企业实际发生的有关固定资产、无形资产、长期待摊费用、投资资产和存货等方面的支出扣除也应当予以统一的规范。
