有关含有计算机程序的发明申请专利保护应注意的问题，有的学者认为：（1）具有技术性的主题与智力活动的规则和方法的区别，具有技术性是含有计算机程序的发明申请专利的首要条件，可以从三个方面判断是否具有技术性：即该计算机程序是否与某一技术领域相关，是否涉及了某个技术问题和是否能够产生技术效果。（2）专利所保护的具有技术性的计算机程序的主题应当符合自然法则而不是诸如经济规则、管理规则之类的其他规则的主题。（3）在申请含有计算机程序的发明的专利保护时，应注意该计算机程序内涵思想的充分公开。即计算机程序的专利保护客体并不是该程序的源程序，而是该程序的思想内涵——编制能实现所述技术功能的该程序的步骤、方法、算法等。
就以上第（2）点意见而言，与美国近年对业务方法的计算机程序的专利保护趋势比较，是存在很大的差异。作者认为，当今是在数字网络环境下日益兴起电子商务的时代，而通过互联网的电子商务的本质之一就是一种用计算机程序表达的业务方法，具有极强的实用性，特别是在经济意义上。换言之，在信息时代，我们是否应该对“技术”作出广义的理解？技术不仅仅限于工程性的机器、装置或方法，还包括经营理念、管理方针、投资模式等经济、管理等领域的“技术”？从另一个角度来看，含有计算机程序的发明申请的专利保护是一种垄断权的形式，虽然知识产权法律保护具有地域性特点，但是全球经济和知识产权保护已经呈日益一体化的趋势，我国对含有业务方法的计算机程序专利不予保护的结果很可能就是未来在全球电子商务市场中失去进入的前提和丧失竞争能力。这种警惕在中国台湾的知识产权界已经有相当的认识。我国的专家学者对国际上软件专利保护的发展趋势也给予了高度的重视，高卢麟先生曾指出：“……目前国际上的发展趋势是，在软件满足了某些条件的前提下，可以给予专利保护。”法律，特别是关于日新月异的计算机软件保护的法律，在保持相对稳定的同时，必须适应迅猛发展的社会、经济和技术的要求，成为“鼓励发明创造，有利于发明创造的推广应用，促进科学技术进步和创新，适应社会主义现代化建设的需要”的有力工具。
中国司法实践中涉及含有计算机程序的发明申请专利的案例较少，其中比较著名的是“优化五笔字型编码法及其键盘”专利技术侵权纠纷案件。该案一审判决于1993年12月由北京市中级人民法院作出，认定被告中国东南技术贸易公司使用的五笔字型第四版技术与原告北京市王码电脑公司拥有“优化五笔字型编码及其键盘”专利权的五笔字型第三版技术无实质性差别，侵权成立。二审判决于1997年7月由北京市高级人民法院作出，认为：五笔字型第三版与第四版都不属于开创性的技术，对第三版的保护范围应该按权利要求的限定予以解释，而不能作扩大解释。因此，上述区别足以使第三版第四版成为“两个计算机汉字输入方案，不存在覆盖和依存关系”。因此，原告指控不能成立。本案认定是否侵权的关键在于第四版技术发生的变化针对第三版而言是不是实质性变化，即第四版与第三版的三点区别是否已脱离了专利保护的范围。虽然本案并未对含有计算机程序的发明申请专利问题进行讨论，但围绕两版差异的争论，实际上是对授予专利权的条件、专利保护范围的争论。从本案可以看出：（1）对于含有计算机程序的发明的专利的保护，要从整理来看是否具有技术效果，但并不是对其整体进行专利保护，而只是对其核心技术且具有专利法三性要求的部分予以保护。实际上这也正是专利法与版权法保护计算机软件的重要区别之一；（2）撰写与软件有关的发明专利申请的权利要求书十分重要，因为权利要求明确限定了软件专利保护的范围；（3）在司法实践中，除开创性发明外，专利保护范围应限于权利要求范围，不能作扩大解释，否则将不利于技术发展。
应该说，无论在立法还是司法方面，我国对于有关计算机程序发明的专利保护问题还没有发展到美国那样普遍的阶段。但随着计算机软件的日益广泛应用和电子商务的发展，与业务方法相关的计算机程序发明以及计算机软件本身发明专利纠纷一定会出现，也将对我国的软件专利司法保护提出挑战。
