总之，通过这个阶段中美国法院判例和审查基准修订，我们可以总结美国对计算机软件专利司法所表现出来的发展趋势：（1）“法院已经采取相当宽松的立场来处理电脑软体专利性问题；甚至更进一步确认原则上电脑硬体和软体乃是一体的两面，二者缺一不可。因此只要合乎法定的要件，即可构成“装置”、“机器”或“制程”而获得专利的保护。
（2）先前要求软件需要与特定装置相结合的原则，似乎已经变得无关紧要。（3）两段分析法即Freeman-Walter-Abele测试分析法则不再是必须适用的。（4）应用软件是否符合专利法101条法定标的的关键不在于该软件是否属于商业方法，而在于是否企图独占数学演绎，应审视其技术本质或特征来判断其可专利性。
第三个发展阶段，即扩大保护阶段是从1998年开始的。主要是关于业务方法的计算机软件专利方面的判例。对于业务方法（method of doing business）的最早判决始于1908年（Flotel Security Checking Co. v. Lorraine Co., 160 F. 467, 2d Cir.1908）案件，认为处理日常商务的方法乃是抽象的原则或原理，无法受到专利的保护。“业务方法”与“印刷物例外”曾成为司法创设的两道障碍，使专利保护范围受到限制。在“州街信托银行案”（State Street Bank & Trust Co. v. Signature Financial Group,Inc., Fed. Cir. 1998）中，Signature获得名为“轴辅金融服务咨询配置处理系统（Data Processing System for Hub and Spoke Financial ServiceConfiguration）”的专利，State Street bank在谈判希望获得Signature该专利使用权失败时，即向地方法院起诉请求认定该专利无效。地方法院判定该专利不属于101条专利保护标的。Signature遂上诉到联邦巡回上诉法院。本案争议的焦点在于该专利权利要求所主张者是否为“数学演绎”或“业务方法”，从而不在专利保护之列。上诉法院引用最高法院在Diamond v. Diehr (S. Ct., 1981)案件中指出的三项不受专利保护的对象，即“自然定律、物理现象及抽象意念”，并依据Alappat案件确定的如果一项数学演绎能够有任何的使用价值，即能够产生出任何“有用、具体与有形的结果（a useful, concrete and tangible result）”，便可以受到专利的保护，认为该案中的权利要求所主张者是一部通过一系列数学演算而把由抽象数字所代表的资讯予以转化为最终股价的机器，是在专利法保护的范围之内的。关于业务方法例外的问题，法院在此案中就根本否定适用此理由来否定一项发明之专利性的可能，因为所谓业务方法问题实质是一项权利要求是否覆盖的范围太宽的问题，而与是否具有专利性无关，即再次重申专利性与获得专利的要求是不同的两个问题，专利性由101条判定、是否符合专利要求则由102、103和112条确定。法院藉本案的判决正式宣布业务方法例外法则已“寿终正寝”。
以及在At & T Corp. v. Excel Communications, Inc. (172F.3d 1352, 50 U.S.P.Q.2d 1447, Fed. Cir. 1999)案件中，法院除了确认“州街银行案”的判决外，更进一步阐释：（1）在审理有关数学演绎的权利要求时，考虑的关键因素在于该数学演义是否进行了实际的应用并产生使用的结果，如果肯定，则其权利要求即具有专利性；（2）所谓的“实用结果”并非指通过数学演绎的计算后一定要产生“实体转换（physicaltransformation）”才可，这里突出地明确了认定软件专利时的“实用价值”准则；（3）在使用“技术功能手段语法（means-plus-function）”来做权利申请时，只有属于“机器”或“装置”类的权利申请需要同时提出相应的书面结构说明，而对于“制程”类的权利要求则不再需要。
以上两个案件确立了有关软件专利的新的法则，即任何计算机软件只要具备实用功能，就可以“机器”、“结构”或“制程”取得专利性；“尤有甚者，这项法则也已侵蚀到专利法制的根本基础——亦即把整个保护标的的法定要件从‘实用技术(useful arts)’转变为‘实用价值(practical utility)’”。加之“业务方法”例外的废除，可能导致软件专利保护过滥的现象。“以往许多原本无法获得专利保护的事物（例如投资理念、资源配置方法等）如今均可能透过制作成软体或是以之作为媒介而受到专利保障。可以预期的是，未来有关电脑软体的专利申请将不再局限于工程性的机器、装置或方法；越来越多的公司都会把其策略、管理方针、投资模式等原本可能归纳为抽象的意念以‘机器’的方式出现，从而受到专利的保障”。即从软件的专利保护趋势来看，计算机程序在某种程度上已经能够“单独”受到保护。
