2004年3月8日，史洪学等人向国土资源部提出了行政复议，要求其撤销“559号批复”。他们认为，国土资源部在没有法律法规授权的情况下作出征地批复，其行为超越了行政职权。此时，坚持讨说法的农民只剩下了七人。在代理律师陆光的不断争取下，国土资源部于4月29日受理了该行政复议。7月28日，国土资源部作出复议决定，指出，根据《报国务院批准的建设用地审查办法》规定的审查程序，“建设用地经国务院批准后，由国土资源部负责办理建设用地批复文件”。“559号批复”中已经明确注明了“业经国务院批准”字样，因此，国土资源部的批复行为认定事实清楚，证据确凿，适用依据正确，程序合法，内容适当。
这样的结果不能被史洪学等人所接受。2004年8月5日，他们在北京市第一中级人民法院起诉国土资源部，请求法院依法撤销“559号批复”。法院受理了此案，遂有10月29日的公开开庭审理。
法庭上各执一词
10月29日的庭审时间并不长，由于事实比较清楚，下午1点半开庭，不到3点，审判长就宣布结束。判决将由合议庭合议后择日做出。
争论的焦点主要集中在对此案性质的认定上。国土资源部耕地保护司官员陈宁和沈廷霞作为国土资源部的代理人出庭应诉，他们指出，“559号批复”认定的事实清楚，内容适当，而且，他们特别强调，根据《报国务院批准的建设用地审查办法》的规定，“559号批复”应该视为国务院批准征地行为的一部分，所以程序也是正当的。
律师陆光代表史洪学等人发表了三点意见。他首先指出，国家法律规定征地要由国务院批准，而现在署名机关不是国务院，国土资源部明显越权。尽管国土资源部“559号批复”注明是“经国务院批准”，而且此次庭审中，国土资源部也提交了国务院的批准文件，但该文件国土资源部以“秘密件”为由，未向行政行为的相对人公示过，该行为也是违反行政法基本原理，一个未公示的行政行为应该是无效的。而且
最高人民法院《关于执行＜中华人民共和国行政诉讼法＞若干问题的解释》第
19条也明确指出，“当事人不服经上级机关批准的具体行政行为，向人民法院提起诉讼的，应当以在对外发生法律效力的文书上署名的机关为被告。” 所以，他认为从法律上应该认定，国土资源部实施了批准征地的具体行政行为。 另外，陆光认为《报国务院批准的建设用地审查办法》，不能成为国土资源部可以批准征地的职权产生依据，因为该办法只是规范行政机关内部公文程序，并不具有法律意义。《
土地管理法》明确规定批准权力在国务院，而且没有一个法律法规授权国务院可以把批准权力下放给国土资源部，国土资源部仅仅以《报国务院批准的建设用地审查办法》这样一个行政机关的内部文件，就获得了征用土地的批复权力，这也是不合法的。最后，陆光指出，国土资源部的行为损害了史洪学等行政行为相对人的合法权益。因为史洪学等人的初衷是对征地实施机关的补偿标准进行裁决，但由于实际上地方政府征地依据的是国土资源部的“559号批复”，这使得史洪学等人法律救济的途径受到阻碍，因为他们拿不到真正有权批准征地的机关也就是国务院批地的直接证明，而仅凭“559号批复”向国务院申请裁决显然证据不足。这使得史洪学等人以及更多有相同经历的农民增加诉累，为找到一个合法的裁决机关就耗费了两年多的时光，投入了大量人力和财力。
