另外，行政机关在履行实质审查责任时，鉴于对行政许可事项条件和标准的把握具有较强的专业性、技术性，特别是在法律、法规、规章囿于立法的局限性而无法穷尽列举条件和标准需要行政机关根据政策需要及实际情况加以灵活掌握时，行政机关对申请人是否符合法定条件和标准的审查具有一定的裁量余地。人民法院对于行政机关的裁量和判断应当给予适当的尊重，不宜径行判断，只要行政机关没有滥用权力或者变相增设许可条件等违法情形的，原则上应当予以维持。
（二）行政许可案件的程序审
1、当场受理与当场决定
行政许可受理与审查决定阶段均存在“当场”作出意思表示的情形，主要是当场受理行政许可申请与当场作出行政许可决定。当场受理或者当场决定，意味着行政机关受到了严格的时效限制，违反将构成程序违法并承担相应的法律责任。
⑴当场受理
当场受理主要适用于申请人或者其委托代理人直接到行政机关办公场所提出申请的情形。对其申请，经审查，符合
行政许可法第
三十二条第一款第（五）项规定的条件并且能够当场受理的，应当当场作出受理决定。对于申请人或者其委托代理人通过信函、传真等间接方式提出申请的，行政机关应当及时以书面方式送达有关受理的决定。
⑵当场决定
行政许可法第
三十四条第二款规定了当场作出许可决定的情形。该条规定并非是强制性规定，主要适用于比较简单的行政许可事项、行政机关能够经审查后当场作出申请人是否符合法定条件、能否取得法定行政许可的情形。是否“能够”，应根据实际情形加以判断，在这方面人民法院应当尊重行政机关的判断，不宜代行其是。
行政许可法第
五十六条关于当场作出决定的规定则属于强制性规定，主要适用于企业、社团等组织的设立登记事项。对这类事项，除法律法规明确规定应进行实质审查外，均应当场作出许可决定。
2、利害关系人参与程序
行政许可法的一大特色在于扩大了行政程序当事人的范围，将利害关系人引入行政程序，符合行政行为公开、公正的要求，便于行政机关客观、全面、及时地掌握有关当事人和利害关系人的情况，及早防范和控制行政争议的发生，最大程度地保证行政行为的合法性与合理性。
行政许可法中涉及到利害关系人的主要有两类程序：一类是陈述申辩程序。
行政许可法第三十六规定行政许可事项“直接关系他人重大利益的”，该利害关系人有权进行陈述和申辩。一类是听证程序。
行政许可法第
四十七条规定行政许可直接涉及“申请人与他人之间重大利益关系的”，利害关系人有申请听证的权利。这两类程序均涉及到利害关系人的参与，但标准不同，前者是直接关系利害关系人的重大利益，例如影响到采光权的规划许可、建筑许可、消防许可，影响到环境权的排污许可，等等；后者是直接涉及申请人与利害关系人之间重大利益关系，例如多人同时竞争有数量限制的行政许可，给予申请人行政许可将直接影响其相邻权人、竞争对手甚至消费者重大经济利益、重大环境利益的规划许可、建设用地许可等无数量限制的许可。上述两类程序的适用标准均不明确，且有一定的重叠，需要根据实际情况进行判断，基本上陈述申辩程序侧重于利害关系人的重大权益，而听证程序则侧重于申请人与利害关系人之间的竞争关系。如果诉讼中当事人因程序问题发生争议，人民法院要从行政管理的实际情况出发，适当尊重行政机关对程序的选择。此外，还应注意陈述申辩程序、听证程序与招标、拍卖等程序的竞合。如果某项行政许可应当适用招标、拍卖程序并且同时对利害关系人的利益有重大影响的，应适用招标、拍卖程序而不适用陈述申辩程序或者听证程序。
