一、基本原则方面的缺陷
（一）银行法的价值取向
我国银行法在立法取向上过于强调金融市场整体的安全和秩序，尤其是维护国有财产的安全，疏忽了银行机构的自身价值目标——自主、效益最大化和公平竞争的环境。
WTO法律制度追求各贸易领域自由化是其基本的目标，尤其是以美国为代表的发达国家更倡议“大胆开放” 市场，突出私有化和放松管理的理念。尽管WTO法律框架在金融服务问题上给自由化以相对的保留，但是自由化始终是金融服务协议的基本目标。 然而，我国的现有银行法在立法精神和价值取向上，强调国家的管制利益，疏忽了市场主体——银行机构的自主权益之维护。现有银行基本法律及金融机构监管规章都有此种倾向。如：法律强调行政性的强制监管，疏忽了银行的自律和内控机制。《
中国人民银行法》在金融监督管理章节设七条，没有一条要求银行机构必须加强内控制度。《
商业银行法》在监督管理章节设五条，也没有提到内控制度的重要性。另外，尽管在《
商业银行法》中肯定了商业银行可以依法开展业务，不受任何单位和个人的干涉，商业银行以其全部的法人财产独立承担民事责任，但是现有法律法规及规章包括监管政策很难体现这些原则要求。这种状况如继续下去，势必会妨碍我国国内银行与外资银行、外国银行公平、公正地竞争。
（二）银行法的价值困惑
银行法试图将内资银行与外资银行、外国银行区别对待，这与WTO法律框架中的诸多原则和制度相抵触。我国银行法律体系在规范市场主体时，比较明显地区分了国内和涉外两大块，正如《
商业银行法》第
88条指出：“外资商业银行、中外合资商业银行、外国商业银行分行适用本法规定，法律行政法另有规定的，适用其规定。”事实上，我国有一系列专门适用于外资商业银行、中外合资商业银行、外国商业银行分行的法规和规章。尽管这些法规和规章并不一定都旨在于内外有别，但至少表明：我国在立法精神上试图做到区别对待，这显然会导致与平等、公正的价值取向相冲突。
二、主体资格及制度方面的缺陷
（一） 银行法对国内中资银行机构的管理制度
1、我国严格分业的金融体制使商业银行处置资产的手段只限于以货币为核心的收付循环，银行既无证券和保险业的准入资格，也无在资本市场上从事产业收益的能力，《
中华人民共和国商业银行法》甚至要求银行因行使贷款担保权而获得的实物资产必须在一年内处分 。这种主体资格上的缺陷使银行处置资产等手段极其有限，经常处于进退两难的境地。
2、我国现行银行法对国内中资银行的管理制度中，过严的业务范围管制政策及分业经营分业管理制度已不能适应金融自由化的需要。如：由国务院颁布2000年4月1日实施的《个人存款帐户实名制规定》，是否包括外资银行，该法规并没有明确，若不包括，势必出现外资银行经营人民币业务后而引起人民币大量向外资银行流动。又如《
中华人民共和国商业银行法》第
３条所列举的业务都仅限于商业银行的传统业务，而对于现代商业银行的新兴金融业务如资产重组、投资理财、衍生金融工具、基金管理、信息咨询、消费信贷及金融制度创新等却缺乏相应的规定。从目前来看，中资银行机构经营的金融产品主要都是些基础产品，而其中又主要是资产负债业务，大量的中间业务开发不足，金融衍生产品则基本没有涉及。然而随着中国加入世贸，随着具有雄厚资本实力和管理经验的外资银行进入国内金融市场，外资银行在国际金融市场上经营的许多金融产品相对于我们国内而言都是新产品，中资银行机构与外资银行机构在这方面有很大差距。继续实施过严的管制政策，将导致中资银行在与外资银行的竞争中处于不利境地，尤其不利于银行业务的创新和发展。倘若在过渡期内不加快相应的制度调整，那么中资银行在金融创新领域的业务就不得不拱手让人了。再如：《
商业银行法》第
43条规定：“商业银行在中华人民共和国境内不得从事信托投资和股票业务，不得投资于非自用不动产。商业银行在中华人民共和国境内不得向非银行金融机构和企业投资。”上述规定再加上《
保险法》第
104条以及《
证券法》第
６条的规定确立了金融分业管理的法律基础，到１９９８年底，各国有商业银行与所属信托投资公司、证券公司和其他经济实体彻底脱钩；央行不再承担证券业和保险业的监管职能，将证券机构的监管移交给证券监管委员会单独监管；保险业则由１９９８年１１月成立的保险监管委员会实施专门监管。由此，法律上和实践上都确立了银行、证券、保险业的分业经营和分业监管。这一制度是在总结我国金融业混业经营教训、为防范金融风险的连锁反应、适应现阶段不规范的金融市场和不完善的金融管理体制所做出的必然选择；在资本市场和法制管理还不健全，道德规范和行为准则还未很好确立，商业银行还未完全走上正轨的情况下，实行这一制度诚然很有必要。但是，在中国入世后，分业经营、分业管理的弊端也将明显凸现出来。当前，国际银行业的大趋势是朝着混业经营方向发展。进入上世纪８０年代以来，在迅速发展的金融创新和金融自由化浪潮的推动下，各国已开始重新审视银行业的混业经营问题。到９０年代以来，这种混业经营趋势更是日益明显，以往采取金融分业制度的国家纷纷向综合方向转变和发展。日本于１９９６年１１月开始的“大爆炸”式的金融制度改革的核心内容就是要“放宽金融管制、取消分业经营限制和金融市场准入壁垒，允许银行、证券和保险业相互准入” 。而１９９９年１１月4日美国国会通过了《金融服务现代化法案》，该法案废除了在美国存续了６０多年标志着现代商业银行与投资银行分业格局形成的《格拉斯—斯蒂格尔法》，允许商业银行、证券公司和保险公司跨界经营，从而使美国金融业迈入一个新的时代。从我国金融实践上看，分业经营、分业管理造成金融管理和营业机构重复设置，队伍庞大，资金利用率低下，形成重大的资源浪费，充分反映出现行法律确定的金融机构分业经营、分业管理制度存在严重滞后性。
