总体而言，
《条例》的规定还是比较粗糙的，它同欧共体的《指令》相比，还有如下重要的差异值得注意：
第一，复制权的定义问题。
《条例》对复制的定义十分简单，即“把软件转载在有形物体上的行为”（
《条例》第
3条第5项）。至于“暂时复制”是否属于复制，仍缺乏明确的界定；相比之下，如前所述，《指令》对复制的定义要严格得多。
第二，“当事人意思自治”问题。《指令》在利用该民事法律基本准则方面有许多独到之处。例如，其第2条第3款关于职务作品的权利归属问题，规定得相当简明，又如对委托作品等更删除了草案中原本的规定。而
《条例》第
14条关于职务软件著作权归属的规定则太复杂，加之又不能同《
著作权法》相应的第
16条吻合，故实践中引起种种歧义，效果并不好。〔28〕
当然，《指令》对契约自由也作了明确的限制，其第9条第1款第2句规定违反某些原则的约定无效。在《
著作权法》和
《条例》中却都缺乏类似的条文，因而在中国软件著作权制度中契约自由应被约束在多大程度内亦是个问题。
第三，侵权软件的持有问题。应该说在该问题上，
《条例》和《指令》的立场是相似的。
《条例》第
32条第1款亦使权利人得要求持有侵权软件者销毁侵权软件，“若所持有的侵权软件不销毁不足以保护软件著作权人的权益时”。差别只是在于《指令》第7条限定在“为商业目的而持有”的范围之内。
这种规定的执行固然不无问题，但是它对强化计算机程序著作权显然是十分有益的。遗憾的是，目前正在准备过程中的《
著作权法》修正案已放弃了这种立场。〔29〕
第四，维护技术保护手段。作为高新技术，计算机程序的自我加密措施对维护开发者的利益有着不可低估的作用，是对法律保护的重要补充。虽然，从严格意义上来说加密技术与著作权并不相关，但是《指令》采取了十分灵活的立场，维护这种技术保护手段，对非法的解密设备的使用和传播加以控制。类似的规定在《
著作权法》和
《条例》中都未曾出现，若从发展的方向来看，是可以考虑加以借鉴的。
