刑事诉讼法学体系的完善是与研究方法的科学化紧密相关的。陈光中认为，刑事诉讼法学研究要有突破和创新，除了加强基本理论研究以外，还必须研究如何使刑事诉讼法学更好地为实践服务，“吸收司法实践中成功的经验，解决司法实践中出现的问题”，但这并不意味着理论研究要在司法实践后面亦步亦趋。同时，还应加强对外国刑事诉讼制度的比较研究，特别要注意和分析西方国家刑事诉讼制度发展的趋势。徐益初在《刑事诉讼法学研究概述》一书中认为，刑事诉讼法学的具体研究方法通常有分析和联系的方法、理论联系实际方法与比较研究方法等三种。其中分析有阶级分析和具体问题具体分析的方法，联系有纵向联系和横向联系的方法。纵向联系也就是历史联系，就是要把
刑事诉讼法的产生和发展情况作一个历史的考察，对每一制度和原则作历史的分析；横向联系就是要注意
刑事诉讼法内部总则和具体程序之间的联系，注意刑事诉讼法学与其他部门法学之间的联系。为了做到理论联系实际，研究者不能只停留在就
刑事诉讼法条文本身的分析和解释上，而应把法律规定与实际情况联系起来考察，应当多接触、了解一些司法实践情况，尽可能做一些实地调查，收集和积累案例、统计数字等有关材料，注意司法实践中提出的新情况和新问题，从理论上对材料进行分析研究并作出正确回答。比较研究方法要求研究者对对外国在一定历史条件下产生的某些诉讼原则和结论，“既不能不加分析地照抄照般，也不应盲目排斥，全盘否定”。正确的态度应当是，“在比较研究的基础上，去其糟粕，取其精华，择其善者用之。”〔43〕
（二）刑事诉讼法学理论问题的研究和开拓
早在五十年代，我国学者就对无罪推定、自由心证、辩护制度、独立审判等刑事诉讼法学上的理论问题展开过研究和讨论。不过，限于当时的政治环境和学术气氛，这种讨论关注的主要是一些诉讼原则和制度在中国的可适用性问题，一些观点或主张经常为意识形态方面的原因而遭到政治批判。八十年代以来，随着法学研究方面“拨乱反正”的进行，刑事诉讼法学理论问题的研究逐渐得到恢复。随着研究气氛的日益宽松，来自意识形态方面的禁锢和政治方面的干预渐渐减少，学者们能够遵循学术研究的规律，对中外刑事诉讼法学上的理论问题进行平心静气的研究，不少理论问题的讨论甚至争论逐渐定型化，形成了数种不同甚至对立的学术观点。
到八十年代末和九十年代初期，刑事诉讼法学理论问题中得到较为充分的研究和讨论的主要有：刑事诉讼基本原则的体系问题，司法机关依法独立行使职权问题，辩护律师的地位和性质问题，证据的概念和基本属性问题，证明对象的范围问题，证明责任的分配问题，无罪推定和自由心证原则在中国刑事诉讼中的适用问题，共犯被告人供述和辩解的证明效力问题，检察人员在第二审法庭中的地位问题，上诉不加刑原则的适用问题，等等。〔44〕其中，有关刑事证据理论的研究取得了令人瞩目的成绩。除了有大量学术论文发表以外，一些学者还出版了有关证据理论的著作，影响较大的有张子培、陈光中等编著的《刑事证据理论》、崔敏主编的《刑事证据的理论与实践》、陈一云主编的《证据学》、肖胜喜的《刑事诉讼证明论》等。这些著作在对古今中外的刑事证据理论作出回顾的前提下，就刑事证据的性质、刑事证明理论、刑事证据的理论分类以及刑事证据的法定种类等问题进行了较为系统的阐述。值得一提的是，八十年代以来进行的有关刑事证据本质属性、无罪推定和证明责任问题的大讨论，使得很多学者均参与其中并发表了大量论著，这对整个刑事诉讼法学学科的发展产生了一定的影响。
这种就刑事诉讼法学理论问题展开的研究和讨论，对于中国刑事诉讼法学逐步摆脱纯粹注释法学的束缚并完善其理论体系，起到了较为重要的促进作用。直至今日，有关上述一些问题的研究和讨论还在继续。但是，从学术研究的规律来看，这种研究和讨论也具有一些先天的不足：一方面，除了有关刑事证据理论的研究外，学者们对刑事诉讼法学理论的研究有着较为明显的功利化倾向，即将研究的视角置于“为立法和司法实践服务”上，探讨的主要是一些诉讼原则和制度在中国司法实践中存在的问题及其对策，关注的主要是一些早已被西方国家法律确立的原则和制度在中国能否得到适用的问题，至于这些原则和制度本身的含义、要求、制度环境及其诉讼价值等问题，则被长期忽略；另一方面，学者们讨论理论问题时仍然主要拘泥于刑事诉讼法典限定的范围，没有抽象和创立出一些属于刑事诉讼法学而非刑事诉讼法典的概念和范畴，从而导致刑事诉讼法学理论处于较低、较浅的层次上，而无法产生富有突破性和开拓性的论著。不仅如此，一些为诉讼法学界对诸如刑事证据的本质属性、刑事诉讼基本原则的体系、中国刑事证据制度的名称等问题的探讨，还令人遗憾地陷入概念之争甚至文字游戏之中不能自拔。〔45〕鉴于这一现状，一些学者避开所谓“理论联系实际”的研究模式，转而从事起刑事诉讼法学基本理论问题的研究。
陈光中早在八十年代末就呼吁“加强对刑事诉讼法学基本理论问题的研究和开拓”，并提出通过借鉴国外刑事诉讼法学的理论成果填补中国刑事诉讼法学基本理论空白的想法。在他的努力下，一批以刑事诉讼法学基本理论为论题的博士学位论文得以问世，一些基本理论问题的研究也得到整个诉讼法学界的重视。同时，一些学者也自觉地展开了刑事诉讼法学的基础理论研究工作。起初，学者们所关注的主要是刑事诉讼主体、职能和法律关系等问题，紧接着有关刑事诉讼形式或结构、刑事诉讼目的等问题的研究引起学者们的兴趣，并成为诉讼法学界研究的焦点问题，再后来刑事诉讼程序中正义、效益等价值问题也受到学者们的重视。经过刑事诉讼法学者近十年的努力，一些刑事诉讼法学的基本理论范畴或概念得到重新研究，一些新的概念或范畴得到确立，刑事诉讼法学的基本理论问题由此得到初步的研究和开拓。有关这一方面的研究成果主要有李心鉴的《刑事诉讼构造论》、卞建林的《刑事起诉制度的理论与实践》、左卫民的《价值与结构——刑事程序的双重分析》、宋英辉的《刑事诉讼目的论》、陈瑞华的《刑事审判原理论》等。
关于刑事诉讼主体和职能问题，中国大陆学者大多认为“旧”的诉讼主体和诉讼职能说因为无法涵盖侦查和法律监督活动而难以适用于中国的刑事诉讼程序。学者们争论的焦点问题在于诉讼参与人是否或者其中哪些具有刑事诉讼主体的资格，以及刑事诉讼主体本身的概念问题。与这一问题相关的是，刑事诉讼中究竟有哪几种诉讼职能？法律监督能否算作刑事诉讼的重要职能？这也引起人们的研究兴趣，所谓“三职能说”与“四职能说”的争论就是由此引发的。后来，学者们不再仅仅讨论这种范围问题，而加强了对诸如刑事诉讼主体含义、刑事诉讼职能本身属性以及诉讼主体与诉讼职能关系的探讨，有的学者还对诉讼职能的区分这一原理的内容及其保障机制作出了分析，从而使得这一问题的研究走向深化。
关于刑事诉讼形式或结构问题，学者们大多认为人类历史上存在过弹劾式诉讼和纠问式诉讼形式，资产阶级革命以后建立了混合式的诉讼制度，其中英美等国的刑事诉讼程序采取了对抗式或当事人主义的形式，而大陆法系国家的刑事诉讼程序则采取了审问式或职权主义的形式。有的学者还运用诉讼形式这一概念分析了当今两大法系国家刑事诉讼制度相互融合、相互吸收的发展趋势。李心鉴对刑事诉讼构造这一范畴及其与刑事诉讼目的之间的关系进行了研究，提出刑事诉讼构造的基本含义，即由一定诉讼目的所决定的，并又主要诉讼程序和证据规则中的诉讼基本方式所体现的控诉、辩护、裁判三方的法律地位和相互关系。他还提出了所谓刑事诉讼的纵向构造和横向构造的概念，对侦查、起诉和审判的具体结构进行了分析。〔46〕这种研究视角连同其研究结论一起，对刑事诉讼法学理论的探索产生了一定影响。周士敏针对侦查、起诉以及法律监督等职能在中国刑事诉讼制度中重要性的认识，提出了所谓“诉讼阶段论”的观点，认为中国刑事诉讼结构不同于西方的审判中心论，因为侦查、起诉与审判是处于平行地位的“三道工序”，法院对审判前程序的司法控制十分微弱。左卫民提出了所谓刑事诉讼的“线形结构”和“三角结构”的观点，认为从刑事诉讼的整个过程来看，侦查、起诉、审判等程序呈现出一种流线型的状态，而就审判在刑事诉讼中的地位以及居于刑事诉讼核心阶段的审判程序的特征来看，诉讼结构的三角性又十分明显。〔47〕
关于刑事诉讼目的问题，学者们起初是从单一方面的角度来认识的，认为刑事诉讼主要是打击犯罪、证实犯罪和惩罚犯罪的活动，其活动的目的在于准确、及时地查明事实真相，打击犯罪，保证无罪的人不受刑事追究，即所谓的“不枉不纵”。随着对这一问题研究的深入，一些学者提出了刑事诉讼目的的双重性观点，认为刑事诉讼活动的最终目标一方面在于准确惩罚犯罪，另一方面也要保障基本人权。陈光中的《刑事诉讼中的民主与专政》〔48〕一文首次从民主与专政的角度研究刑事诉讼的目的，论证了保障人权的正当性和必要性。刑事诉讼目的的双重性理论在刑事诉讼法学界逐渐得到了普遍的接受。宋英辉对刑事诉讼目的问题进行了较为系统的研究，提出了刑事诉讼目的的概念，即国家进行刑事诉讼所要达到的具体目标，是统治者按国家和社会的需要和基于对刑事诉讼固有属性的认识，预先设计的关于刑事诉讼结果的理想模式；他进一步论证了刑事诉讼目的的双重性，将诉讼目的分为直接目的与根本目的两个层次，并且对刑事诉讼中的人权问题进行了分析，将人权分为实体性权利与程序性权利两大类，对实现刑罚权与保障人权的关系及其发生冲突时的平衡原则进行了论述。〔49〕
关于刑事诉讼中的价值问题，学者们起初吸收政治哲学的理论对国家与被告人个人之间的关系以及协调国家与个人利益的模式问题进行探讨，后来将焦点之间集中到刑事程序中的公正与效益问题上。左卫民将刑事诉讼中的价值分为安全与自由两大方面，并将大陆法系与英美法系国家的刑事诉讼价值分别归入“犯罪控制”和“权利保障”这两大价值模式之中，提出了理想的诉讼价值应当是安全与自由、犯罪控制与权利保障相互兼容和协调的模式，他还对公正程序的要求以及刑事诉讼中的效益问题进行了分析。〔50〕陈瑞华从刑事审判原理的角度对刑事诉讼程序的价值进行了研究，提出了有关刑事程序的“内在价值”、“外在价值”和“经济价值”的三大层面的理论，认为刑事诉讼程序不仅仅是用以实现
刑法的工具和手段，而且具有其本身独立的内在价值，即保证刑事程序本身或者刑事诉讼过程而不是结果的公正性和正当性；刑事诉讼不仅仅要注意资源的节约和诉讼效益的提高，而且要保证那些其利益受裁判结果直接影响的人（如被告人）充分而有效地参与到裁判过程中来，成为积极影响裁判结果的诉讼主体。陈瑞华还对最低限度程序公正的标准和意义、刑事程序的工具意义以及上述三种价值的冲突与协调等问题进行了分析。〔51〕
